Жан-Жак Жустафре родился в семье музыкантов: отец был скрипачом, а мама пела в хоре. В четырнадцать лет он был принят в Парижскую консерваторию по классу валторны и через три года окончил её с первой премией, а также был признан первым по классу камерной музыки и сольфеджио. Спустя еще два года его начали приглашать играть в большие парижские оркестры, а также для работы в студиях звукозаписи, в озвучивании фильмов, в спектаклях варьете, на телевидении и так далее. Жустафре также стал лауреатом Мюнхенского международного конкурса.
Как инструменталист Жустафре является солистом Филармонического оркестра Радио Франции. Он принимал участие в гастролях оркестра в Германии, Японии, Китае, США и Канаде, выступал под руководством таких дирижёров, как Эммануэль Кривин, Ален Ломбар, Марек Яновский, Сэйдзи Одзава, Эса-Пекка Салонен. Партнёрами Жустафре в ансамблевых выступлениях были, в частности, Пьер Амуаяль, Режис Паскье, Франсуа Рене Дюшабль, Мишель Берофф.
Как дирижёр Жустафре работает преимущественно в области популярной музыки, а также джаза. В 2005 года Жустафре руководил гранд-оркестром Поля Мориа во время гастролей в Японии и Южной Корее, в дальнейшем, уже после смерти Мориа, возглавлял мемориальные туры по тем же странам. В октябре и ноябре 2010 года собственный гранд-оркестр Жан-Жака Жустафре совершает первый российский тур с программой «Посвящение Полю Мориа», выступая в Москве, Калининграде, Перми, Екатеринбурге, Уфе, Самаре, Волгограде и Санкт-Петербурге, а также Киеве и Минске. Помимо этого, Жустафре руководит джазовыми группами JUST’A 5 и JUST’А 7, в разное время сотрудничал с Мишелем Леграном, Франсуа Жанно, Роном Картером, Филом Вудсом, Четом Бейкером, Оскаром Петерсоном, Доном Коста, Фрэнком Заппой, Джерри Льюисом, вибрафонистом Милтом Джексоном.
