Ранние годы
Джонсон родился около Мидлотиана в округе Честерфилд, Виргиния. Вскоре его семья переехала в Кентукки. В 1833 поступил в Вест-Пойнт, который окончил его в 1838 году 32-м из 45-ти кадетов. Он получил временное звание младшего лейтенанта и был направлен в 6-й пехотный полк, а через год повышен до лейтенанта. Участвовал в семинольских войнах во Флориде и служил на Западе. Во время мексиканской войны проявил себя в сражении при Веракрусе, Серро Гордо, Чурубуско, Молино-дель-рей и при Чапультепеке. Был временно повышен до капитана и затем до майора и получил от штата Виргиния парадную шпагу за храбрость. После войны вернулся служить на Запад, на территорию Дакота, Калифорнию и Канзас. Участвовал в ютской войне.
Гражданская война
Когда началась гражданская война, Джонсон уволился из рядов армии США. Ходили слухи, что его арестовали и даже посадили в тюрьму, откуда ему удалось сбежать. 2 июля 1861 года он вступил в 12-й джорджианский полк армии Конфедерации в звании полковника. Этот полк сражался в первой кампании генерала Ли в западной Виргинии, принимал участие в сражениях при Рич-Маунтен, Чит-Маунтен и Гринбри-Ривер. 13 декабря 1861 года Джонсон получил звание бригадного генерала. Он участвовал в сражении при Эллени-Маунтен, где командовал шестью пехотными полками (это соединение называлось «Северо-западная армия») и где получил свое прозвище.
Зимой 1861—1862 «армия» Джонсона действовала вместе с Джексоном «Каменная стена» на ранних этапах кампании в долине. В сражении при Макдауэлл он был тяжело ранен пулей в ногу и на долгое время выбыл из строя. Почти год он провел в Ричмонде.
После реорганизации Северовирджинской армии в 1863 году после Чанселорсвилла, Джонсон был возвращен в армию, повышен до генерал-майора и назначен командиром знаменитой «дивизии Каменной Стены» в корпусе генерала Юэлла. (Предыдущий командир, Исаак Тримбл, не устраивал генерала Ли.)
В мае 1863 Джонсон был уже достаточно здоров для командования дивизией в геттисбергской кампании, но ещё пользовался тростью при ходьбе, и солдаты прозвали его «Old Clubby». На пути в Пеннсильванию Джонсон разбил федерального генерала Роберта Милрой (первый раз он победил Милроя при Элллени-Маунтен) во втором сражении при Винчестере. К Геттисбергу он прибыл вечером первого дня сражения.
В сражении при Геттисберге Джонсон действовал на крайнем левом фланге, в корпусе Эвелла. Считается, что генерал Эвелл не воспользовался свежей дивизией Джонсона для вечерней атаки на Кладбищенский Холм и Калпс-Хилл и упустил важный момент. По другой версии, Джонсон сам отказался штурмовать холм, хотя и имел на это приказ.
Вместе с тем, дивизия Джонсона была основной ударной силой при наступлении на Калпс-Хилл на второй и третий день сражения. Впоследствии Джонсу довелось активно участвовать в финальном аккорде геттисбергской кампании — сражениях при Майн-Ран(27 ноября-2 декабря)
В 1864 Джонсон хорошо проявил себя в сражении в Глуши. Когда генералЛонгстрит был серьёзно ранен в бою, генерал Ли считал Джонсона подходящей кандидатурой на роль заместителя командующего. В сражении при Спотсильвейни 12 мая 1864 он участвовал в бою за «Подкову мула» и попал в плен с большей частью своей дивизии. Генерал Грант, с которым он был знаком ещё до войны, пригласил его на завтрак. Несколько месяцев Джонсон провел в тюрьме на Моррис-Айленд около Чарльстона, и был обменян 13 августа. Он сразу был отправлен на Запад в Теннессийскую Армию Джона Белла Худа, где командовал дивизией в корпусе Стефана Ли.
16 декабря 1864 во время битвы при Нэшвиле он снова попал в плен и провел несколько месяцев в лагере военнопленных на острове Джонсона на озере Эйри. После окончания войны его переместили в Старую Капитолийскую Тюрьму в Вашингтоне, где его проверяли на причастность к убийству Линкольна. Причастность доказана не была и Джонсон был амнистирован 22 июля 1865 года.
Послевоенная деятельность
После войны Джонсон стал фермером в Виргинии. Он активно участвовал в акциях ветеранов войны, в частности, в попытках установки памятника генералу Ли в Ричмонде. Он умер в Ричмонде и похоронен на кладбище Холливуд. Джонсон никогда не был женат.
