Детство и образование
Родился в деревне Ново-Черкасово Шатурского района Московской области, в семье крестьянина. Родители, будучи верующими людьми, посещали приходской храм, брали с собой и юного Василия. Василий уже с 6 лет научился быстро читать по церковно-славянски. Учился в школе. Читал и пел на клиросе, до закрытия храма в селе в 1937 году. После школы был рабочим на заводе в г. Кашире Московской области.
Постриг, иерейское рукоположение и духовное образование
Узнав об открытии в Москве богословских курсов, Василий захотел приобрести духовное образование и осенью 1946 года он поступил в духовную семинарию в Загорске, а в 1950 закончил её по первому разряду.
18 июля 1950 года архиепископом Можайским Макарием он был рукоположен во диакона, а 21 июля — во священника в Преображенской церкви села Бесово, Московской области.
В декабре того же года переведён священником в Пятницкую церковь села Туголес. Здесь трудами и заботами отца Василия были проведены большие ремонтные и реставрационные работы, расписаны боковые приделы и алтарь.
В феврале 1955 года назначен настоятелем Воскресенской церкви села Молоди.
В январе 1961 года переведен на должность благочинного церквей Орехово-Зуевского округа Московской епархии и назначен настоятелем Богородице-Рождественской церкви города Орехово-Зуево.
У отца Василия в семье к этому времени уже было трое детей. Все они со временем пошли духовным путём: старший сын принял монашество с наречением Пантелеимон (+ 1994) и служил в Московской епархии, средний сын Константин стал священником, а дочь вышла замуж за Александра Ганабу, ныне - секретаря Московского епархиального управления. Семейная жизнь вначале, в целом, шла хорошо, но затем стала ухудшаться. Однажды, неожиданно для отца Василия, от него ушла жена.
Монашество и хиротония
В 1962 году отец Василий поступил в Московскую духовную академию. В 1963 году вступил в число братии Троице-Сергиевой Лавры и, приняв монашество с именем Мелхиседека, был направлен в Троицкое патриаршее подворье в селе Переделкино. Монашеское имя он получил от митрополита Никодима, относившегося к иеромонаху очень тепло. После 3 курса патриарх и Священный Синод определили быть ему епископом Вологодским и Великоустюжским. Однако занятий в академии он не оставил и, подготовившись за лето по 8 предметам, оставшимся на 4 курсе, сдал их экстерном за два дня. Взялся за написание кандидатской работы: «II Ватиканский Собор. Историко-критический обзор» и, защитив её через 2 года, получил степень кандидата богословия.
Архиерейство
15 июня 1965 года он был возведён в сан архимандрита, а 17 июня 1965 года в Успенском соборе Троице-Сергиевой Лавры состоялась его архиерейская хиротония. Хиротонию совершали митрополит Ленинградский и Ладожский Никодим, архиепископ Тульский и Белевский Алексий, и епископы Дмитровский Филарет и Волоколамский Питирим.
7 октября 1967 года был назначен епископом Венским и Австрийским. 24 июня 1968 года назначен членом делегации от Русской православной церкви на IV-ю Ассамблею Всемирного совета церквей, а 8-11 мая 1969 года участвовал в торжествах 1100-летия со дня блаженной кончины святого Кирилла, проходивших в Болгарии.
25 июня 1970 года был назначен епископом Пензенским и Саранским.
3 марта 1976 года постановлением Священного Синода был назначен в состав синодальной комиссии по вопросам христианского единства.