Сын императора Максимилиана II и Марии Испанской (дочери императора Карла V и инфанты Изабеллы Португальской). 4 декабря 1611 года женился на эрцгерцогине Анне Тирольской (4 октября 1585 — 14 декабря 1618), дочери своего дяди австрийского эрцгерцога Фердинанда II. Выживших детей от этого брака не было. Воспитателем Матвея был ученый дипломат Оги Жислен де Бусбек (Augler Ghislain de Busbecq).
По приглашению католической, но враждебной испанцам партии южных нидерландских провинций, Матвей отправился туда тайно в 1577 году. В 1578 году получил, с большими ограничениями, звание штатгальтера, но, поняв, что ему не удастся добиться влияния в стране, в 1581 году сложил с себя власть. В 1593 году назначен наместником своего брата императора Рудольфа II. В Вене он сблизился с Мельхиором Клезелем, который позже стал кардиналом и главным советником Матвея. Когда произвол императора вызвал войну с возмутившимися венграми и турками, Матвей взял на себя восстановление спокойствия. В 1606 году в Вене с князем Транисльвании Иштваном Бочкаи был заключен мир, который гарантировал религиозную свободу в Венгрии. Рудольф не согласился с его решениями, и Матвей вступил в междоусобную борьбу с душевнобольным императором, принудив брата уступить ему в 1608 году Австрию, Венгрию и Моравию, а в 1611 году Чехию, Силезию и Лужицу.
После вступления на императорский престол на его политику существенное влияние оказывал Клезель, который надеялся добиться компромисса между католическими и протестантскими частями империи с целью усиления государства. Ещё во время борьбы с Рудольфом Матвей был вынужден пойти на уступки протестантам в Австрии, Моравии и Венгрии, чтобы привлечь их в качестве своих союзников. Из внешних врагов ему пришлось бороться с трансильванским князем Бетленом Габором. Примиренческой политике Матвея противостояли другие представители дома Габсбургов, в том числе его брат эрцгерцог Максимилиан, который надеялся обеспечить переход престола к приверженцу католицизма эрцгерцогу Фердинанду Штирийскому, ставшему впоследствии императором Фердинандом II. По настоянию членов своей семьи бездетный Матвей короновал Фердинанда королем Чехии (1617) и Венгрии (1618).
Попытки правительства уничтожить права, данные протестантам, и особенно «Грамоту Величества», дарованную Рудольфом II чехам в 1609 году, вызвали неудовольствие, которое перешло в Чешское восстание, положившее начало Тридцатилетней войне. Между тем как чехи организовали свое особое управление и сопротивлялись с оружием в руках, а жители Силезии и Моравии к ним примкнули, Фердинанд низверг Клезеля и вырвал бразды правления у больного и дряхлого Матвея, который вскоре после того и умер.
В 1633 году останки Матвея были перенесены в Капуцинеркирхе; он был первым императором, погребённым в Императорском склепе.
В кинематографе
В фильме «Батори» (2008) роль императора Матвея исполнил Франко Неро.
