Она была вторым ребёнком и старшей дочерью короля Венгрии Белы III и его первой жены Агнессы де Шатильон. Её старший брат Имре II и младший брат Андраш II наследовали престол после отца, младшая сестра Констанция Венгерская стала королевой Богемии.
Первый брак
В 1185 г. 10-летняя венгерская королевна была выдана замуж за византийского императора Исаака II Ангела. Получила в приданое три города. Специальный свадебный налог, введённый Исааком II, привёл к восстанию в Болгарии братьев Ивана Асеня I (1196) и Петра IV (1197).
Будучи католичкой по рождению, Маргарита Венгерская приняла православие под именем Мария Ангел. Исаак II Ангел получил власть случайно и был известен любовью к роскоши, расхищением драгоценной церковной утвари, подделкой серебряных монет, увеличением налогов и публичной продажей должностей на откуп. В 1195 г. муж Маргариты был ослеплен, дважды побывал на престоле и в тюрьме, где и умер в апреле 1204 г.
Второй брак
После взятия Константинополя крестоносцами двадцатидевятилетняя Маргарита вышла замуж как вторая жена пьемонтского маркграфа и самопровозглашенного короля Фессалоник (Салоники, Солунь) Бонифация I Монферратского.
Бонифаций рассчитывал, что этот брак с вдовой императора повысит его шансы на императорский трон латинской империи в Константинополе, но дож Венеции Энрико Дандоло способствовал назначению графа Фландрии и Эно Балдуина (Бодуэна) Фландрского. Второй муж Маргариты назначил ее регентшей во время кампании по завоеванию Фессалии. 4 сентября 1207 г. Бонифаций I Монферратский был убит в Болгарии в стычке с царем Калояном. После его смерти вдова стала регентшей при малолетнем сыне Димитрии, но оппозиция местных дворян заменила ее на Уберто ди Бьандрате. Регентство Маргариты в Солуньском государстве восстановил Генрих I Фландрский, император Латинской империи, ибо Уберто отказался принести ему оммаж и был захвачен в Эвбее в 1209 г.
Третий брак
После сентября 1207 г. Маргарита вышла замуж за Николя I де Сент-Омера (1217/9), который правил Фивами и всей Беотией. Французский крестоносец, позднее вступивший в орден тамплиеров. В течение нескольких лет Маргарита отказывалась опять перейти в католичество. Римский папа Иннокентий III поздравил ее, когда она, наконец, сделала это в 1208 г.
