После нападения Германии на СССР литовские националисты провозгласили Временное правительство Литвы во главе с Ю. Амбразявичюсом.
Климайтис создал военизированное формирование (ок. 600 чел.), которое приняло участие в боях против советских войск за Каунас. Уже 23 июня 1941 г. Каунас был в руках повстанцев (). Его формирование, однако, не подчинялось Временному правительству(). 25-26 июня 1941 подразделение Климайтиса начало погромы против евреев. К 28 июня 1941, по сообщению бригадефюрера СС Франца Вальтера Шталекера, от рук подчинённых Климайтиса погибло 3800 евреев в Каунасе, и позднее — ещё 1200 в других городах.
После войны Климайтис жил в эмиграции. Местонахождение его долгое время было неизвестно, в 1980-е годы его обнаружили в Гамбурге (ФРГ), где он умер в 1988 году.
