Гражданская война
В Красной Армии с 1919 года. В гражданскую войну воевал рядовым в пехоте, затем младшим командиром в артиллерии на Дальнем Востоке, воевал против войск атамана Г. М. Семёнова, японских интервентов, войск белых правительств на Дальнем Востоке. Участвовал в штурме Спасска и в Владивостокской наступательной операции, за что награждён орденом Красного Знамени.
Межвоенный период
После окончания войны продолжал служить на Дальнем Востоке, был начальником службы связи и разведки гаубичного артиллерийского дивизиона. В 1923 году на военных учениях совершил вылет на самолёте в качестве наблюдателя, после чего решил перейти на службу в авиацию. В 1924 году добился такого перевода и направлен на учёбу в Ленинградскую военно-теоретическую авиационную школу. Окончил её в 1925 году и для освоения управления самолётом направлен в 1-ю военную школу лётчиков имени А. Ф. Мясникова (так тогда называлась знаменитая Качинская авиационная школа), окончил её в 1927 году. Служил младшим лётчиком в 36-й легкобомбардировочной авиационной эскадрилье 7-й авиационной бригады в Кировограде. С 1928 года - в Борисоглебскской 2-й авиационной школе лётчиков: инструктор, командир учебных звена, отряда и эскадрильи. С 1934 года - начальник отдела по подготовке лётчиков авиационной школы в Оренбурге, затем командир созданной на базе этого отдела учебной авиационной бригады ВВС Приволжского военного округа.
В 1938 году окончил Высшую лётно-тактическую школу в Ленинграде и назначен командиром 13-го легкобомбардировочного авиационного полка в Среднеазиатском военном округе, затем переформированного в 34-й скоростной бомбардировочный авиационный полк. С января 1940 года был помощником командира и командиром 35-й авиационной бригады в Киевском военном округе. Летом 1940 года короткое время командовал 16-й смешанной авиационной дивизией в том же округе. С ноября 1940 года - командир 3-го дальнебомбардировочного авиационного корпуса в составе ВВС Западного Особого военного округа, дислоцированного в Смоленске, полковник.
Великая Отечественная война
В Великой Отечественной войне - с первого дня. Корпус совершал боевые вылеты в поддержку войск Западного фронта, неся значительные потери из-за отсутствия истребительного сопровождения и применения устаревших типов бомбардировщиков. Однако и в этих условиях Скрипко удалось добиться значительных боевых результатов путём применения ряда новаторских боевых приёмов. Также он без согласования с высшим командованием отдел приказ об установке дополнительных бортовых пулемётов в задней нижней полусфере бомбардировщиков, а ввиду отсутствия штатных пулемётчиков - укомплектовал их офицерами и солдатами наземных и штабных подразделений. В результате резко снизились собственные потери, а также огнём из этих пулемётов было сбито за короткий срок свыше 20 истребителей противника, пытавшихся атаковать бомбардировщики со стороны незащищённых, как им казалось, секторов.
Полковник Скрипко был направлен на повышение и назначен командующим ВВС 5-й армии Юго-Западного фронта, затем заместитель командующего ВВС Юго-Западного фронта генерала Ф. А. Астахова. С марта 1942 года - заместитель командующего Авиацией дальнего действия генерала А. Е. Голованова. Занимал эту должность до декабря 1944 года, когда Авиация дальнего действия была переформирована в 18-ю воздушную армию, а сам Скрипко стал первым заместителем командующего 18-й воздушной армией.
