Родился вблизи Санкт-Галлена (на территории нынешней Швейцарии), по другим сведениям в Швабии. Бо?льшая часть его жизни тесно связана с Санкт-Галленским монастырем, где он был учителем и библиотекарем. Ноткеру, в частности, принадлежит Житие Св. Галла, считающегося основателем этого монастыря, написанное в необычной форме диалога, с чередованием стихов и прозы.
Ноткер проявил себя как поэт (создатель гимнов), композитор (одним из первых начал сочинять секвенции), музыкальный учёный (автор трактатов, часть которых не сохранилась). Создал около 40 секвенций на главные праздники литургического года, объединённые в 884 году в Liber hymnorum (Книгу гимнов). До нашего времени дошёл рукописный секвенциарий из Санкт-Галлена, созданный сразу после смерти Ноткера.
Ноткер известен также как создатель «Деяний Карла Великого» (лат. Gesta Caroli Magni), созданных в середине 880-х гг., судя по всему — по непосредственному указанию Каролинга Карла III Толстого, приезжавшего в Санкт-Галлен в 883 году.
Ноткера Заику следует отличать от (также монаха Санкт-Галленского монастыря) Ноткера Губастого (лат. Notker Labeo, ок. 950 — 1022), который вошёл в историю как один из первых литераторов, писавших на немецком языке; он передал по-немецки 11 латинских текстов, в том числе 2 философских сочинения Боэция, 2 книги из сочинения «О бракосочетании Филологии и Меркурия» Марциана Капеллы и Псалтирь. 5 известных современным медиевистам небольших музыкально-теоретических трактатов (о мензурировании органных труб, о ладах и о монохорде), которые иногда приписываются Ноткеру Губастому, возможно были составлены им в дидактических целях, для обучения монахов санкт-галленской монастырской школы, которой он руководил.
