В 1535-45 годах певчий и композитор в папской капелле в Риме. В 1545-53 капельмейстер в соборах Толедо, Марчены, Малаги. Писал преимущественно церковную вокальную музыку. Среди сочинений Моралеса 23 мессы, в том числе две на знаменитый шансон «Вооружённый человек» (фр. L’homme arm?), и два реквиема (поздний 5-голосный реквием [1544] — одно из самых популярных ныне сочинений Моралеса), восемь (по числу церковных тонов) магнификатов, различные песнопения оффиция.
Из более чем 80 (преимущественно 4-голосных) мотетов композитора многие политекстовые. Безупречный полифонист, Моралес продолжал традиции композиторов нидерландской школы (считал себя последователем Жоскена Депре). Вместе с тем, в ряде сочинений («Плачи пророка Иеремии», оффиций заупокойной службы и др.) писал в гомофонной технике, известной как испанский фобурдон.
Учеником Моралеса был крупный испанский композитор Ф. Герреро.
