Окончив Падуанскую консерваторию, дебютировал как оперный композитор в 1834 г.: в Падуе была поставлена его «Ламермурская невеста» (итал. La fidanzata di Lammermoor, по роману Вальтера Скотта). За ней последовали «Дон Кихот» по Сервантесу в Милане (1836), «Эсмеральда» по «Собору Парижской богоматери» Гюго — в Мантуе (1838, наиболее успешная из опер Мадзукато) и ещё четыре работы. После постановки «Эрнани» в Генуе в 1843 г. Мадзукато отошёл от активной композиторской деятельности — впрочем, переработанная опера 1843 года «Людовик V, король Франции» (итал. Luigi V, re di Francia) была поставлена в 1852 г. в Парме и в миланской Ла Скала.
Переключившись на музыкальную журналистику, Мадзукато в 1846 г. занял пост главного редактора «Миланской музыкальной газеты» и возглавлял это издание до 1858 года. В 1859—1868 гг. Мадзукато был художественным руководителем оперного театра «Ла Скала» и в этом качестве, в частности, дирижировал в 1859 г. первым представлением «Травиаты» Джузеппе Верди на этой сцене. Одновременно с 1843 г. Мадзукато преподавал в Миланской консерватории, а с 1872 г. и до конца жизни возглавлял её. Вместе с Антонио Анджелери, Франческо Сангалли и Стефано Ронкетти-Монтевити подготовил обновлённый устав консерватории (опубликован в 1859 году). Среди его многочисленных учеников, в частности, Арриго Бойто и Иван Зайц.
