Учился в Московской консерватории у Ивана Гржимали, затем в Петербургской консерватории у Леопольда Ауэра. Был (наряду с Сергеем Коргуевым) концертмейстером созданного Ауэром оркестра студентов и выпускников консерватории, а с 1895 г. — концертмейстером оркестра балета Мариинского театра. Играл вторую скрипку в струнном квартете Ауэра.
С 1899 г. Крюгер преподавал в Петербургской консерватории, с 1908 г. профессор. Среди учеников Крюгера — альтист Александр Рывкин, дирижёр оркестра русских народных инструментов Николай Осипов, композитор Борис Бровцын и др. С 1929 года на пенсии.
Заслуженный артист РСФСР.
Старший сын Эммануила Крюгера Владимир Эммануилович Крюгер (1898—1960) был актёром Ленинградского Театра драмы им. А. С. Пушкина, снимался в небольших ролях в фильмах «Вратарь» (1936), «Балтийцы» (1937), «Пучина» (1957). Второй сын, Борис Эммануилович Крюгер (1902—1963), преподавал в средней специальной музыкальной школе при Ленинградской консерватории и был одним из первых учителей Владимира Спивакова.
