Происхождение
Сын курфюрста Максимилиана II и его первой жены Марии Антонии, дочери императора Леопольда I и Маргариты Терезы. Оба его родных брата также умерли в детстве. Его младший единокровный брат Карл (сын Максимилиана II от второго брака) впоследствии стал императором Священной Римской империи Карлом VII.
Претендент на испанский престол
Перед началом Войны за испанское наследство Иосиф Фердинанд был фаворитом Англии и Голландии в борьбе за испанский престол. В 1698 году Карл II назвал его своим наследником. Таким образом Иосиф Фердинанд мог стать не только курфюрстом Баварии, но также королем Испании, включая ее огромные заморские владения и осуществить амбиционные мечты своего отца по возвеличиванию династии Виттельсбахов.
Его неожиданная смерть в возрасте шести лет от оспы сделала недействительным англо-французский договор о разделе Испании и привела 2 марта 1700 года ко второму договору между Францией, Англией и Голландией. По нему Филипп Анжуйский получал Неаполь, Сицилию и Милан, а остальные испанские владения отходили к Карлу, сыну Леопольда I. Леопольд не принял условия договора, и Людовик XIV нарушил соглашение, приведя к власти в Испании своего внука Филиппа Анжуйского (Филиппа V).
Иосиф Фердинанд умер в Брюсселе, так и не побывав в Испании; похоронен в брюссельском кафедральном соборе Св. Михаила.
