Окончил Венскую академию музыки, ученик Франца Шмидта. Был близок к кругу новой венской школы, особенно к Альбану Бергу. В 1938—1980 гг. преподавал в Венской академии музыки, с 1943 г. профессор; до 1951 г. вёл также класс клавесина. Среди учеников Зайдльхофера — ряд выдающихся исполнителей, в том числе Марта Аргерих, Фридрих Гульда, Нельсон Фрейре, Сета Таниель, Рудольф Бухбиндер. Его ученица, затем ассистентка и жена Мария Регина Зайдльхофер также стала известным музыкальным педагогом. Зайдльхофер входил в жюри различных международных конкурсов, в том числе Международного конкурса имени Чайковского (1962). Зайдльхофер записал ряд произведений Иоганна Себастьяна Баха, ему принадлежит переложение «Искусства фуги» для фортепиано в четыре руки.
Последние годы жизни Зайдльхофер провёл в деревушке Ангер. После его смерти на средства учеников и почитателей Зайдльхофера в церкви Ангера был сооружён орган, получивший имя музыканта.
