Окончил Льежскую консерваторию по классу гобоя, затем по классу композиции. В 1879 г. был удостоен бельгийской Римской премии (учреждённой по аналогии с одноимённой французской) за кантату «Песнь творения» (фр. Le Chant de la Cr?ation). После предусмотренной премией стажировки в Италии и поездок во Францию и Германию в 1886 г. занял пост профессора гармонии в своей alma mater, а с 1911 г. был её директором; среди учеников Дюпюи, в частности, Хуберт де Бланк.
Одновременно с 1900 г. Дюпюи был дирижёром брюссельского театра Ла Монне. Под его руководством прошёл ряд важных премьер — прежде всего, первые представления опер Венсана д’Энди «Чужеземец» и Эрнеста Шоссона «Король Артур» (обе 1903), а также «Пепиты Хименес» Исаака Альбениса (1905). Дюпюи был также известен как пропагандист музыки Рихарда Вагнера, Рихарда Штрауса, Клода Дебюсси.
В композиторском наследии Дюпюи две оперы («Mo?na» и «Co?r d’ognon»), написанные на местном диалекте французского языка, симфонические поэмы «Макбет» и «От сумерек к рассвету» (фр. Du cr?puscule ? l'aurore), концертино для гобоя с оркестром, камерная, хоровая и вокальная музыка, отмеченная вагнеровским влиянием.
