Сын скрипача, получил первые уроки у своего отца. Затем окончил Мадридскую консерваторию по классам скрипки Хесуса Монастерио и композиции Эмилио Серрано. С 1890 г. играл на скрипке в одном из мадридских театров. С 1898 г. первая скрипка в оркестре Королевского театра Мадрида, с 1905 г. дирижёр этого оркестра. В 1899 г. были представлены первые сочинения Вильи — симфония «Песни Сеговии» (исп. Cantos segovianos), Торжественный марш в честь Альфонса XIII и Астурийская рапсодия, написанная для Пабло Сарасате.
В 1909 г. Вилья возглавил новосозданный Муниципальный симфонический духовой оркестр Мадрида и руководил им до конца жизни. В репертуар оркестра вошли многочисленные переложения произведений мировой классики нового и новейшего времени, выполненные Вильей, — в том числе сочинения Мусоргского, Вагнера, Равеля, Отторино Респиги. Кроме того, в творческом наследии Вильи четыре сарсуэлы: «Раймонд Луллий» (исп. Raimundo Lulio; 1902), «Эль Кристо де ла Вега» (исп. El Cristo de la Vega; 1915), «Гитара любви» (исп. La Guitarra del amor; 1916) и «Патио Мониподио» (исп. El Patio de Monipodio; 1919).
