Жизнь
В сентябре 1493 он женился на испанке Марии Энрикес де Луна — невесте старшего сводного брата, Педро Луиса, умершего незадолго до этого. Её отец был братом королевы Хуаны Энрикес, а мать — внучкой герцога Трухильо. У них было 2 детей:
- Хуан Борджиа Энрикес (также известный как Хуан де Борха), третий герцог Гандии.
- Изабель (1498—1557), приняла постриг в монастыре св. Клары, Гандиа.
Отец предназначал Хуана для светской карьеры полководца Папского государства, а его брата Чезаре — для карьеры в церкви. Он получил титул князя Гандии и Сессии, был коннетаблем Неаполя. Ещё один титул — «Папский знаменосец и генерал капитан Церкви».
Убийство
Джованни Борджиа был убит в возрасте 22 лет в ночь на 14 июня 1497 неподалеку от пьяццы делла Джудекка. Его тело выловили из Тибра с 9 колотыми ранами. Ходили слухи, что убийство заказал его собственный брат, Чезаре Борджиа. Смерть Хуана была выгодна Чезаре, не желавшему церковной карьеры, которую ему определил отец. Свидетелей убийства не нашлось, за исключением рыбака, видевшего, как двое выбрасывали тело в Тибр. Убийство не было результатом кражи, так как труп, вытащенный из Тибра был с кошельком, в котором было 30 золотых дукатов.
Другая гипотеза заключается в том, что убийцей являлся отец молодой девушки Антонио Пико делла Мирандола, чей дом находился в близости от Тибра. Незадолго до смерти Хуан не упускал возможности упомянуть, что обесчестил 14-летнюю дочь одного из представителей древнего римского рода.
