Учился у своего отца, органиста церкви Святой Елизаветы, и в тринадцатилетнем возрасте был назначен его ассистентом. Затем учился игре на виолончели, трубе, фаготе и кларнете, играл в оркестре оперного театра как кларнетист. Занявший в Бреслау пост капельмейстера Карл Мария Вебер обратил внимание на Бернера, в 1811 г. он был командирован в Берлин в распоряжение Карла Фридриха Цельтера для изучения опыта работы Берлинской певческой академии с перспективой открытия в Бреслау аналогичного заведения.
В наследии Бернера наиболее значительны дидактические сочинения: «Основные правила пения» (нем. Grundregeln des Gesanges; 1815), «Теория хоральных интерлюдий» (нем. Theorie der Choralzwischenspiel; 1819), «Учебник музыкальной пунктуации» (нем. Lehre von der musikalischen Interpunktion; 1821). Из вокальных произведений Бернера приобрела популярность и часто считается народной песня «Немецкая душа не унывает» (нем. Deutsches Herz verzage nicht). Среди учеников Бернера был, в частности, Адольф Хессе.
