1988—1999
Дебютировал в марте 1988 года.
В феврале 1995 Тапиа победил по очкам чемпиона мира во 2-й наилегчайшем весе по версии WBO Хосе Рафаэля Сосу.
В июле 1997 года Тапиа победил по очкам чемпиона мира во 2-й наилегчайшем весе по версии IBF Дэнни Ромеро.
В декабре 1998 года он победил решением большинства чемпиона мира в легчайшем весе по версии WBA Нана Конаду.
26 июня 1999 Поли Айяла — Джонни Тапиа
- Место проведения: Мандалей Бэй Ресорт энд Касино, Лас-Вегас, Невада, США
- Результат: Победа Айялы единогласным решением в 12-раундовом бою
- Статус: Чемпионский бой за титул WBA в легчайшем весе (1-я защита Тапии)
- Рефери: Джо Кортес
- Счёт судей: Фернандо Висо (116—113), Дуэйн Форд (116—113), Ги Джутрас (115—114) — все в пользу Айялы
- Вес: Айяла 53,50 кг; Тапиа 53,50 кг
- Трансляция: Showtime SET
В июне 1999 года Джонни Тапиа вышел на ринг против Поли Айялы. Бой получился зрелищным — оба боксёра постоянно шли вперёд, вступая в размен. По итогам 12-ти раундов судьи близким решением объявили победителем Поли Айялу. Поединок получил статус «бой года» по версии журнала «Ринг».
2000—2007
В январе 2001 года Тапиа победил по очкам чемпиона мира в легчайшем весе по версии WBO Хорхе Элисьера Хулио.
В октябре 2000 года состоялся 2-й бой между Джонни Тапиа и Поли Айялой. Айяла вновь победил единогласным решением судей.
В апреле 2002 года Тапиа победил решением большинства судей чемпиона мира в полулёгком весе по версии IBF Мануэля Медину.
В ноябре 2002 года он проиграл по очкам Марко Антонио Баррере.
В феврале 2007 года Тапиа провёл последний бой, после чего ушёл из бокса.