25 октября 1385 г. он был назначен генеральным капитаном короля для ведения боевых действий в странах Лангедока и герцогстве Гиень. Основной его задачей было освобождение Юга от Больших Компаний — настоящего бича страны, особенно в мирное время. Ему приходилось действовать то оружием, то подкупом (для чего в 1387 г. штаты Оверни и Лангедока предоставили ему 250000 ливров), чтобы освобождать замки, крепости, а то и города, от занимающих их наемников.
В 1386 г. в королевской армии под Аррасом во время военных действий англичан, поддержанных многочисленным флотом.
В 1390 г. намереваясь наследовать права, которые Изабелла, дочь и наследница короля Майорки, уступила ему в обход короля Арагона, он продал Филиппу, герцогу Бургундии, с согласия своего брата Бернара, графство Шароле со всеми его владениями за 50000 флоринов (или 60000 золотых экю). Помимо короны Майорки, перед ним стоит еще одна, не менее важная задача — увести из Франции Большие Компании. На это дело король выделяет ему 30000 ливров. Его армия перешла границу Арагона, но была разбита в сражении при Навате арагонскими войсками под командованием дона Бернардо де Кабреры. По мнению некоторых историков, сам Жан III в этом походе не участвовал, а его войска возглавлял его брат Бернар. После этого, Жан III перенёс военные действия в Руссильон.
В 1391 г. он направился в Италию с армией из 20000 человек, в основном — наемников, на помощь Карло Висконти, сеньору Пармы и мужу его сестры, Беатриссы д’Арманьяк, захваченному и брошенному в тюрьму его кузеном Джан Галеаццо Висконти, первым герцогом Милана. В этом походе финансовую помощь Жану III предоставили флорентийцы, с которыми в это время успешно воевал Джан Галеаццо. Люди герцога Миланского, после безуспешной попытки подкупить самого графа, подкупили часть капитанов, и те взбунтовались. Жан III, не дожидаясь развала всей армии, разгромил мятежные компании и жестоко покарал главарей. Так как среди наказанных были в основном бургундцы, герцог Бургундии принял это как личное оскорбление, и Бернару д’Арманьяку пришлось везти в Дижон извинения брата.
При осаде Александрии в Ломбардии, войска Жана III, попав в засаду, были разбиты, а сам он погиб при очень странных обстоятельствах.
14 мая 1378 г. Жан III женился на Маргарите (1363—1443), графине де Комменж, дочери и наследнице Пьера-Раймона II (ок. 1325 — 19 октября 1375), графа де Комменжа, и Жанны де Комменж (ок. 1330 — 29 апреля 1398). Со времени этой женитьбы Жан III принял титул графа де Комменжа.
У них были две дочери.
