Война застала его в Ворошиловградской области, на Украине. Командовал звеном бомбардировщиков 5-го бомбардировочного авиационного полка. Его знали как бесстрашного воина, способного командира. Однополчане прозвали его «горным орлом». Самолёт Мальсагова появлялся там, где его меньше всего ожидали фашисты. За несколько дней он сделал 20 боевых вылетов, уничтожил 5 зенитных орудий, 27 автомашин, более 100 солдат противника, 10 вражеских танков. 7 января 1942 года героическая жизнь майора Ахмеда Мальсагова оборвалась. Похоронен А. Т. Мальсагов в братской могиле, которая находится в с. Варваровке, Кременского района, Ворошиловградской области на Украине.
Сталин дважды отказывал в присвоении Ахмеду Мальсагову звания Героя Советского Союза. Но справедливость восторжествовала: 6 июля 1995 года Указом Президента России Мальсагов Ахмед Татарханович посмертно награждён Золотой Звездой Героя России.
Младший брат Ахмеда Мальсагова — Магомет Татарханович — воевал в звании капитана, был командиром танкового батальона. Тяжело ранен в 1942 и доставлен в эвакогоспиталь; в числе других офицеров Красной Армии был расстрелян фашистами.
