Сын митавского купца, Купфер получил степень доктора философии в Дерптском университете, а в 1820 стал доцентом того же университета. С 1821 Купфер преподавал математику в Ревельской гимназии и, по словам его биографа, К. Сементовского, издавал в Ревеле (ныне — Таллин) первый русский математический журнал, о котором, однако, нет сведений ни в одном из библиографических списков.
В 1835 Купфер был назначен профессором чистой математики в лицее князя Безбородко; занимаясь организацией его библиотеки, он простудился и умер. Купфер напечатал: «Dissertatio inauguralis de summatione serierum secundum datam legem differentiatarum» (Митава, 1813) и «Versuch einer Methode, durch welche sich bestimmen liesse, ob und in welcher Anzahl eine gegebene allgemeine algebraische Gleichung, von welchen Grade sie auch sei imigin?re Wurzeln habe nebst einer Untersuchung ?ber die allgemeine Form v?llig entwickelter vielgliederiger Funktionen» (Дерпт, 1819).
