Испанская инфанта
Родителями инфанты Изабеллы Клары Евгении были король Испании Филипп II и Елизавета Валуа. Для её матери это были трудные роды, после которых она в течение нескольких дней находилась на грани смерти. Филипп II, которого источники того времени описывают как довольно бесчувственного человека, после родов объявил, что он более рад родившейся девочке, чем если бы это был наследник престола. Инфанта лишилась своей матери очень рано, когда ей было всего два года, та умерла после очередных неудачных родов. Она росла вместе со своей младшей сестрой Каталиной Микаэлой при дворе своего отца под присмотром кормилицы Марии де Месса. Филипп II, вскоре после скоропостижной кончины Елизаветы Валуа, женился в 1570 году в четвертый раз, его женой стала его племянница Анна Австрийская, дочь императора Максимилиана II и сестры Филиппа Марии. Она приняла обеих девочек как своих собственных детей и между мачехой и падчерицами возникли очень тесные доверительные отношения.
Испанская королева, после того как несколько рождённых ею детей умерло во младенчестве, подарила Филиппу 14 апреля 1578 года долгожданного наследника престола Филиппа III. Однако испанский монарх те глубокие чувства, которые он испытывал к своей третье жене, не смог перенести на свою четвертую супругу, так же, как и установить тесные отношения с детьми от четвертого брака. Его обе дочери, Изабелла Клара Евгения и Каталина Микаэла, были его доверенными лицами, у которых он, так же, как до этого у их матери, просил совета по важным политическим вопросам.
Так писал он своим дочерям 15 января 1582 года из Лиссабона:
Особенно тесными были отношения между Филиппом II и его старшей дочерью Изабеллой Кларой Евгенией. Он называл дочь утешением своей старости и светом своих глаз. Она помогала ему в ведении государственных дел, приводила в порядок его бумаги, читала ему вслух наиболее важные послания и переводила на испанский донесения из Италии. Последние три года до смерти Филиппа 13 сентября 1598 года Изабелла ухаживала за своим тяжело больным отцом, который страдал приступами лихорадки и подагрой.
2 августа 1589 года дядя Изабеллы Клары Евгении по материнской линии, король Франции Генрих III, был убит монахом Жаком Клеманом. Генрих III был последним королем Франции из рода Валуа, ни у него, ни у его братьев не было наследников. Филипп II заявил права на французский престол для своей дочери Изабеллы Клары Евгении, поскольку она была дочерью старшей сестры Генриха III Елизаветы. Эти притязания не имели под собой никакой юридической силы, поскольку салический закон Франции исключал наследниц престола и Елизавета Валуа перед свадьбой отказалась от прав на французский престол. Законным претендентом на трон короля Франции считался предводитель гугенотов Генрих Наварский, который в 1594 году и взошел на французский престол как Генрих IV.
Кроме того, в 1590—1598 годах Изабелла являлась претендентом на корону герцогства Бретонского.
В рамках проводимой Габсбургами семейной политики, Изабелла Клара Евгения была на третьем году жизни была помолвлена с Рудольфом II, старшим сыном императора Священной Римской империи Максимилиана II. Однако через двадцать лет Рудольф разорвал помолвку. В возрасте тридцати одного года инфанта была помолвлена с эрцгерцогом Альбрехтом VII, который вырос при испанском дворе. Эрцгерцог Альбрехт был братом Рудольфа II и в возрасте восемнадцати лет стал кардиналом. Филипп II произвёл своего племянника в 1583 году в вицекороли Португалии и 1595 году назначил его штатгальтером Испанских Нидерландов. В связи с помолвкой эрцгерцог Альбрехт в 1598 году был освобожден римским папой от обязательств перед католической церковью.
