Главные труды Зеннерта: «Epitome scientiae naturalis» (Виттенберг, 1618) и «Hypomnemata physica» (Франкфурт, 1635). Его «Opera omnia» напечатана в 1645 (Венеция).
В борьбе с аристотелевской физикой и метафизикой, которая открывает собой историю новой философии, Зеннерт ещё до Гассенди примкнул к древней атомистике. По числу элементов Зеннерт принимает четыре рода элементарных атомов. От элементарных атомов он различает atoma corpuscula, разделенные до тех пределов, какие допускает природа; из них возникают сложные тела. У всех атомов есть изначально определенные формы и только на движении атомов или телец основывается всякое изменение. Причину соединения атомов Зеннерт предлагает видеть именно в формах, в которых Бог образовал эти атомы. Зеннерт решительно отрицает слепой случай, который сводил бы атомы и образовывал бы отдельные тела.
