Биография
Родился в семье военного, его отец — офицер, принимал участие в обороне Севастополя 1854—1855 гг. Среднее образование получил в Пермской классической гимназии, которую окончил с серебряной медалью.
Первый казанский период (1883—1909)
В 1883 году поступил в Казанский университет на медицинский факультет, но уже на следующий год перевёлся на естественное отделение физико-математического факультета.
В 1888 году окончил университетский курс со степенью кандидата естественных наук. Его дипломным сочинением был «Очерк растительности окрестностей города Красноуфимска Пермской губернии». В течение последующих трёх лет по поручению Общества естествоиспытателей занимался почвенными и ботаническими исследованиями в Казанской губернии.
После окончания курса А. Я. Гордягин с 1889 по 1891 годы находится при Казанском университе в качестве профессорского стипендиата по кафедре ботаники.
В 1891 году он был утвержден в качестве приват-доцента Казанского университета по систематике высших растенийи и с осени того же года вел практикум по систематике семенных растений. Одновременно с 1891 до 1898 года занимал должность хранителя музея при Ботаническом кабинете. С 1897 года читал курс анатомии и физиологии растений.
В 1892—1901 годы в летние месяцы Андрей Яковлевич занимался ботанико-географическими исследованиями на Среднем Урале и в Западной Сибири. Итоговым результатом этих исследований стала магистерская диссертация «Материалы для познания почв и растительности Западной Сибири», которую он защитил в Казанском университете в мае 1901 года. Научная ценность этой работы была признана настолько высокой, что ему сразу были присуждены степень доктора ботаники (минуя степень магистра) и серебряная медаль им. Н. М. Пржевальского от Русского географического общества.
С сентября 1901 года Андрей Яковлевич был утвержден экстраординарным профессором по кафедре физиологии растений Казанского университета, с августа 1903 года — ординарным профессором по кафедре ботаники, заведующим Ботаническим кабинетом, а в 1908?1909 годах еще и заведующим Ботаническим садом.
В начале июня 1902 года А. Я. Гордягин совместно с энтомологом М. Д. Рузским совершили краткую экскурсию на гору Большое Богдо (Астраханская область, дельта Волги). Через три года Гордягин опубликовал работу «Поездка в Астраханскую пустыню» (1905), в которой впервые была предпринята попытка обобщить все имевшиеся на тот момент данные о флоре г. Большое Богдо, чтобы в будущем можно было оценить изменения этой флоры. В конце работы Гордягиным приводится «Перечень растений горы Б. Богдо» (170 видов), основанный не только на собственных сборах (82 вида), но и на литературных данных, содержащихся в работах Палласа, Клауса, Ауэрбаха, Беккера, Пачоского, Шмальгаузена, а также на гербарных сборах Эверсманна, Вагнера, Р. В. Ризположенского и Келлера.
В начале XX века вокруг А. Я. Гордягина организуется круг «старшего поколения» его университетских учеников, многие из которых в дальнейшем стали крупными учеными: Н. А. Буш, Б. А. Келлер, В. Р. Заленский, В. И. Талиев, И. И. Спрыгин, Д. Е. Янишевский, В. И. Смирнов.
Саратовский период (1909—1914)
В июле 1909 года А. Я. Гордягин был переведен ординарным профессором на медицинский факультет Саратовского Императорского университета, который был еще в стадии организации и возглавил кафедру ботаники.
Первый ректор университета профессор В. И. Разумовский впоследствии писал: «Видный ученый, опытный профессор, прекрасный преподаватель, он мне казался необходимым также и для поддержания добрых старых академических традиций в новом Университете, — и эту роль он несомненно выполнил потом».
