Вениамин Вотяков окончил 2-й Московский медицинский институт в 1943 году, участвовал в Великой Отечественной войне. С 1946 года работал в Уфимском институте эпидемиологии и микробиологии имени Мечникова, с 1947 был научным сотрудником Центрального государственного научно-исследовательского контрольного института имени П. А. Тарасевича. С 1950 по 1986 годы был директором Белорусского НИИ эпидемиологии и микробиологии, позже стал здесь же руководителем отдела природно-очаговых и антропонозных неуправляемых инфекций.
Автор более 770 научных трудов, в том числе 7 монографий, 103 изобретений, а также научного открытия («Явление регуляции гиперпаразитизма иммунитетом позвоночных», 1988).
Живёт в Минске.
