Родился на острове Лошинь вблизи города Пула на территории современной Хорватии в семье адмирала флота Австро-Венгрии эрцгерцога Карла-Стефана и эрцгерцогини Марии-Терезии, итальянской принцессы из Тосканской династии. Принадлежал к младшей линии дома Габсбургов. Был шестым и самым младшим ребенком в семье. Отец Вильгельма приходился троюродным братом императора Франца-Иосифа и в 1918 году претендовал на польский престол.
С 12-летнего возраста жил в имении отца небольшом городке Живец в Западной Галиции.
Во время Первой мировой войны 18-летний принц был назначен командиром сотни 13-го уланского полка, где служили исключительно украинцы.
В 1916 году Вильгельм стал членом палаты господ австрийского парламента.
В начале марта 1918 года он, уже в звании полковника, был назначен командиром сечевых стрельцов. Стрельцы называли его Василием и надели на него вышиванную рубашку, от чего он получил прозвище «Василий Вышиваный». Его направили во главе группы австрийских оккупационных войск на Херсонщину. Когда осенью 1918 г. в Галиции провозглашена Западно-Украинская Народная Республика (ЗУНР), Вильгельм со своей частью перебрался туда.
После объединения ЗУНР с УНР в январе 1919-го он получил должность председателя отдела заграничных связей Генштаба армии УНР. Он переехал в Каменец-Подольский, руководил оттуда созданием сети военных школ, налаживал связи с иностранными миссиями. В 1920 в знак протеста подписанного главой УНР Симоном Петлюрой соглашения с Польшей о польской военной помощи УНР в обмен на Галицию, Вильгельм Габсбург ушел в отставку и уехал в Вену.
В 1921-ом там вышел его сборник стихотворений на украинском языке под названием «Минають дні» под псевдонимом Василий Вышиваный.
