Научные интересы — билингвизм, славянская лингвистика, идиш, иврит, ромские (цыганские) языки, креолизация.
В начале 90-х годов Векслер, выдвинул теорию, относящую идиш в группу славянских, а не германских языков. (В статье «Идиш. 15-й славянский язык» Paul Wexler, Yiddish — The Fifteenth Slavic Language International Journal of the Sociology of Language 91,1991).
Позже, в книге «Ашкеназийские евреи: славянско-тюркский народ в поисках еврейской идентификации» (The Ashkenazic Jews: A Slavo-Turkic People in Search of a Jewish Identity. Columbus: Slavica 1993). На основе огромного лингвистического, исторического и этнографического материала Векслер предложил пересмотреть и всю теорию происхождения ашкеназов — говорившего на идише восточноевропейского еврейства. Он рассматривает их не как потомков выходцев с Ближнего Востока, а как коренной европейский народ, происходящий от потомков западных славян — лужицких сорбов, полабов и др. Позже Векслер включил в число предполагаемых предков восточноевропейских евреев также хазар и многочисленных славян, живший в Киевской Руси в IX—XII веках.
Векслер опубликовал также исследование о сефардийском еврействе, доказывая, что они потомки прозелитов, принявших иудаизм североафриканцев, а никак не потомки палестинских иудеев.
Взгляды Векслера не нашли широкой поддержки среди специалистов по еврейской истории и филологии (исключение среди филологов представляет собой Гилад Цукерман, опирающийся в своей работе в том числе и на изыскания Векслера), однако его труды широко цитируются в околонаучной литературе и нашли многих последователей среди неспециалистов. В то же время в другой области своих научных интересов — славянской и, в частности, белорусской филологии Векслер пользуется определенным авторитетом среди коллег.
В настоящее время Векслер занят подготовкой словаря исторической фонологии русского языка.
Кроме научных работ Векслер известен своими антисионистскими взглядами. Он является, в частности, активным сторонником бойкота израильских ученых со стороны их европейских коллег. (см, например, его страницу на сайте Тель-Авивского университета). Выступает за права солдат отказаться от службы на оккупированных территориях .
