Родился Вакацуки в городе Мацуэ провинция Идзумо (в наши дни префектура Симанэ), в семье самурая из клана Мацуэ. В 1892 году он окончил Юридический колледж при Токийском императорском университете. После поступил на службу в министерство финансов, там занимал должность директора налогового бюро и, позже, заместителя министра финансов. В 1911 году становится членом Палаты Пэров. В 1912 году Вакацуки вступает в партию Риккэн Досикай (яп. ?????), организованную Кацурой Таро, и занимает должность министра финансов в его третьем кабинете. В 1914 году он вступает в партию Кэнсэйкай (яп. ???) и повторно занимает должность министра финансов во втором кабинете Окумы Сигэнобу.
В 1924 году становится министром внутренних дел в кабинете Като Такааки, работает над принятием законопроекта о всеобщем избирательном праве для всех совершеннолетних мужчин, в 1925 году работает над Законом о сохранении мира.
В январе 1926 года, после внезапной смерти действующего премьер-министра Като, Вакацуки принимает обязанности председателя Кэнсэйкай и, вместе с ними, должность премьер-министра. Его первый срок закончился в апреле 1927 года, когда он был вынужден уйти в отставку в связи с начавшимся финансовым кризисом и интригами членов Тайного Совета.
Возглавляет Японскую делегацию на Лондонской морской конференции в 1930 году. Там он настаивал на скорейшей ратификации договоров о разоружении, что вызвало недовольство среди японских военных и различных националистических группировок.
В апреле 1931 года, после того как серьёзно раненный при покушении Хамагути Осати был вынужден уйти в отставку, Вакацуки занимает пост премьер-министра и председателя Риккэн Минсэйто (яп. ?????) которая являлась приемником Кэнсэйкай. Во время его второго срока происходит Манчжурский инцидент, когда японская армия, расположенная в Манчжурии, использовала взрыв на железной дороге, как повод для нападения на казармы китайских войск в Мукдене. Кабинетом Вакацуки было принято решение не допустить дальнейшей эскалации конфликта, но дислоцированные в Корее армии, без императорского приказа перешли китайскую границу и вторглись на территорию Манчжурии. Правительство совершенно потеряло контроль над Квантунской армией, и Вакацуки ничего не оставалось, как санкционировать действия военных задним числом. Манчжурский инцидент стал завершением карьеры Вакацуки, 13 декабря 1931 года он подал в отставку и отошел от политической деятельности. Однако он выступал против войны с Соединенными Штатами, а после начала войны, он выступал за скорейшие примирение.
