Занимал должность вице-президента США с 4 марта 1801 года по 4 марта 1805 года при президенте Томасе Джефферсоне.
В 1804 потерпел поражение в избирательной кампании за пост губернатора Нью-Йорка. Во время кампании Александр Гамильтон выпустил немало оскорбительных памфлетов против Бёрра, в связи с чем последний вызвал его на дуэль и застрелил. После дуэли политическая карьера Берра закончилась. В 1807 отправился на Запад США, где пытался вести нелегальную войну против испанских колоний и провозгласил себя королём, но был арестован американскими войсками. Бёрр предстал перед судом по обвинению в измене, но был оправдан. Отправился в добровольное изгнание в Европу, после возвращения в США вёл уединённую жизнь, был практикующим адвокатом.
