Член-корреспондент (c 5 декабря 1887 года; физико-математическое отделение, по разряду биологических наук — ботаника), ординарный академик Петербургской академии наук (с 6 апреля 1902 года, физико-математическое отделение), Российской академии наук (с 1917 года), Академии наук СССР (с 1925 года).
Из дворян Екатеринославской губернии. Брат Александра Парфеньевича Бородина, инженера путей сообщения, главного инженера службы подвижного состава Юго-Западной железной дороги, одного из основоположников русского паровозостроения.
Путь в науке
Окончил курс в Санкт-Петербургском университете на физико-математическом факультете, по отделу естественных наук.
В 1869 году поступил преподавателем ботаники и одновременно заведующим кафедрой ботаники и дендрологии в Санкт-Петербургский земледельческий и лесной институт. В 1877 году было закрыто агрономическое отделение института, преобразованного в Санкт-Петербургский лесной институт, и Бородин был оставлен преподавателем ботаники. Заведовал кафедрой 35 лет — до 1904 года.
В 1876 году за диссертацию «Физиологические исследования над дыханием листовых побегов» Иван Парфеньевич получил степень магистра ботаники. За этой работой, которая дала Бородину известность не только в России, но и в Западной Европе, последовал ряд физиологических и анатомических работ, особенно по распространению различных веществ в растениях, причём Бородин разработал особый метод их изучения, названный его именем.
В 1878 году он был назначен профессором Санкт-Петербургской медико-хирургической академии, где читал лекции ботаники до 1880 года, когда был утверждён профессором Лесного института.
Бородину принадлежит открытие (1880—1882) кристаллизующегося хлорофилла, сыгравшее большую роль в изучении этого вещества. Немецкий химик Р. Вильштеттер, исследователь химии хлорофилла, назвал такие кристаллы «кристаллами Бородина». В 1873 году Бородин положил начало изучению флавоноидов в России.
С 1881 по 1904 год Бородин состоял редактором «Трудов» Общества естествоиспытателей при Санкт-Петербургском университете, по отделу ботаники; позже — редактором «Материалов для изучения естественных производительных сил России», издаваемых состоящей при Императорской Академии наук Комиссией по изучению естественных производительных сил России.
В 1886 году Новороссийский университет единогласно избрал его почётным доктором ботаники. Со второй половины 1887 года Бородин читал лекции ботаники и в Санкт-Петербургском университете (вместо оставившего кафедру А. С. Фаминцына), неоднократно — на Высших женских курсах.
С 1887 года Иван Парфеньевич Бородин — член-корреспондент, а с 1902 года — академик Императорской академии наук.
14 декабря 1899 года Бородин был назначен заведующим Бюро по прикладной ботанике, которым заведовал до 23 сентября 1904 года. Бюро при Бородине отвечало на запросы и давало рецензии на труды по растениеводству.
C 1902 года — директор Ботанического музея Академии наук.
В 1903 году Бородин опубликовал свои публичные лекции, посвящённые вопросам оплодотворения. В этих лекциях он одним из первых в России подробно изложил работу Г. Менделя «Опыты над растительными гибридами» и подтверждающий её выводы результат работ его последователей.
27 января 1905 года в петербургской газете «Русь» появилась «Записка 342 учёных», критиковавшая самодержавие. Среди шестнадцати подписавших её академиков был и Бородин. Последствием этого явилось разосланное этим академикам письмо президента Академии наук Великого князя Константина Константиновича, порицавшее их поступок и предлагавшее сначала отказаться от казённого жалованья, а потом уже заниматься политикой. И. П. Бородин подал президенту Академии наук прошение об отставке. Однако вскоре Великий князь извинился перед академиками.
