Из крестьянской семьи. Окончил учительскую семинарию в 1916 году. В мае 1916 г. призван на военную службу рядовым. В июне 1917 окончил ускоренный курс Виленского военного училища в Полтаве. Прапорщик, командир роты 17-го Сибирского стрелкового запасного полка.
В РККА вступил добровольно в мае 1918 г. Член РКП(б) с ноября 1918-го. Участник гражданской войны в 1918—1921 гг. Прошёл путь от красноармейца до командира стрелкового полка на Восточном и Западном фронтах. В 1921 году командовал ударным отрядом при подавлении Кронштадтского мятежа.
После гражданской войны служил в 1922—1929 гг. военкомом Орского уезда, затем военкомом Тюменского округа, начальником Управления территориального округа Башкирской АССР. В 1928 году окончил курсы «Выстрел». Служил заместителем начальника штаба 13-го стрелкового корпуса. Майор (1935). В 1936 году окончил Военную академию имени Фрунзе- специальный (Восточный) факультет. В 1936—1938 гг. — в распоряжении Разведупра РККА, в штате военного атташе некоторое время работал в Японии. В 1938—1939 гг. — начальник Центральной школы подготовки командиров штаба, полковник (1938). С июня 1939 г. — начальник 10-го отдела штаба Сибирского военного округа.
Участвовал в Великой Отечественной войне. В 1941—1945 гг. — последовательно занимал должности начальника штаба 16-й армии, 22-й армии, с февраля 1943 года до конца войны — начальник штаба 1-й гвардейской танковой армии. Генерал-лейтенант (21.08.1943). Действия Шалина на этом посту высоко ценил командующий армией будущий маршал бронетанковых войск М. Е. Катуков:
В послевоенный период в 1946—1949 — начальник Военно-дипломатической академии. В 1949—1952 служил в Генеральном штабе Вооруженных Сил, дослужился до звания генерал-полковника. В 1952—1956 и в 1957—1958 — начальник Главного разведывательного управления. В 1956—1957 — первый заместитель начальника Главного разведывательного управления Генерального штаба. В 1958—1964 — военный консультант Группы генеральных инспекторов Министерства обороны СССР. С 1964 г. — в отставке. Удостоен 19 советских и 5 иностранных наград, награжден орденами Ленина, Красного Знамени (трижды, первым из них в 1922), Суворова I степени (6.4.1945; 29.5.1945), Кутузова I степени (25.8.1944), Кутузова II степени (дважды), Богдана Хмельницкого I степени (29.5.1944), «Знак Почёта», медалями.
Составил исторический очерк 1-го Орского стрелкового полка. Его именем названа улица в городе Орске Оренбургской области.
Похоронен на Новодевичьем кладбище Москвы.
