Наследник
После безвременной кончины отца мать увезла его на Сицилию, где он был в 1197 году в возрасте двух лет провозглашен королем. Корону же Священной Римской империи оспаривали младший брат его отца Филипп Швабский и представитель конкурирующей династии Вельфов — Оттон IV Брауншвейгский. Мать Фридриха Констанция умерла в 1197 году, она просила о поддержке юного короля папу Иннокентия III, который принял опеку над Сицилийским королевством и королем, однако на самом деле здесь наступил период безвластия и анархии, когда папские капитаны, местные бароны и арабы воевали между собой и грабили страну.
В 1208 году Фридрих был провозглашен совершеннолетним, в следующем году женился на Констанции Арагонской, которая была гораздо старше его. С помощью её «приданого» — сильного войска — он установил порядок в Сицилийском королевстве.
Политика централизации в Сицилийском королевстве
С целью превратить королевство в сильное централизованное государство, Фридрих осуществил ряд мероприятий, нашедших свое законодательное воплощение в Мельфийских конституциях 1231 года. В Южной Италии он запретил войны между феодалами и постройку замков, установил для всего населения страны единый королевский суд, лишил города самоуправления, создал сильный флот, заменил феодальную армию постоянным войском из наемников-мусульман (сарацин).
Борьба за корону Священной Римской империи
В сентябре 1211 года германские князья провозгласили императором Фридриха. В борьбе с Оттоном IV он опирался на поддержку Франции. В 1214 году Оттон был разбит в битве при Бувине и фактически потерял власть.
В апреле 1220 года девятилетний сын Фридриха, Генрих VII, был провозглашен императором Священной Римской империи, однако Фридрих резко выступил против, и папа Гонорий III короновал Фридриха императорской короной 22 ноября 1220 года в соборе Святого Петра в Риме. Между папой и императором начались серьёзные разногласия из-за того, что папа, начавший подготовку V Крестового похода, провозгласил королем Константинополя не Фридриха, а Пьера де Куртенэ.
Также недовольство у Папы вызвало то, что под патронажем Фридриха был создан Неаполитанский университет — первое высшее учебное заведение в Италии и Европе, которое преподавало без папской буллы (ныне университет носит его имя).
Германская политика
Стремясь приобрести свободу действий в Италии, Фридрих предоставил в Германии почти неограниченную власть князьям. Вормсско-Фриульские соглашения 1231-1232 давали им право почти бесконтрольного распоряжения всеми делами внутри своих княжеств. В угоду князьям Фридрих запретил городам заключать союзы между собой. В 1235 году он подавил мятеж своего сына Генриха VII, возглавившего выступление горожан, королевских министериалов и некоторых епископов против князей.
Борьба с римским престолом
Правление Фридриха — период самого ожесточенного столкновения между папством и империей. Его стремление подчинить своей власти всю Италию, опираясь на Сицилийское королевство, привело к длительной борьбе с городами Северной и Средней Италии, а также с папами Григорием IX и Иннокентием IV. Фридрих неоднократно подвергался отлучению от Церкви, проклятиям, враги Фридриха называли его антихристом. Сам император верил в свое высшее предназначение, считая себя новым Константином Великим, преемником царя Давида, наместником Бога и повелителем мира.