5 лютого Радянський районний суд продовжив термін утримання під вартою Олександра Макарова до 6 травня. У ході цього засідання було заявлено відвід одному із адвокатів Олександра Макарова - Віктору Бакуревічу. Згодом відвід був визнаний незаконним.
26 січня 2007 меру було пред'явлено звинувачення в зловживанні посадовими повноваженнями в корисливих цілях.
7 лютого суд частково заарештував майно мера. * 21 лютого сторона захисту опублікувала документ про те, що адміністрація м. Томська в особі керуючого справами Олександра Мельникова намагається надати законність діяльності самовільного будівельника Дунафа В. Ф. зі зведення гаражного комплексу по вул. Предвокзальной, 4.
1 березня обласний суд залишив в силі рішення Радянського районного суду про продовження терміну утримання під вартою.
11 квітня Європейський суд з прав людини прийняв рішення про розгляд скарги на арешт мера Томська.
16 квітня представники департаменту нерухомості та адміністрації міста відмовилися від позовних вимог до ТОВ «На обрубати» про визнання недійсним договору про відновлення будівлі за адресою: Томськ, вул. К. Маркса 23. Відмова від позову Департаменту нерухомості прийнятий судом, розгляд справи припинено. Подання зазначених позовних заяв - один з епізодів інкримінованих Олександру Макарову, як діяння, що перешкоджає комерційної діяльності Дунафа.
27 квітня мер був звинувачений в отриманні хабара у великому розмірі (пункт «г» частини 4 статті 290 КК РФ) , незаконній участі в підприємницькій діяльності (стаття 289 КК РФ) і в двох знову встановлених епізодах зловживання посадовими повноваженнями (частина 2 статті 285 КК РФ). Крім того, нове звинувачення пред'явлено і родичці Олександра Макарова - колишньому директору ВАТ «Томсктрансстрой» НініЕгоренковой - за частиною 4 статті 159 КК РФ (шахрайство в особливо великому розмірі). .
2 травня захист Олександра Макарова завила про офіційне напрямку від імені свого підзахисного скарги до Європейського суду з прав людини.
4 травня термін утримання під вартою мера був продовжений до 6 вересня.
15 травня заарештований мер відчув сильну нудоту, сухість у роті, сильне серцебиття - всі ознаки інтоксикації. Черговий лікар заявив, що у слідчому ізоляторі в нічний час відсутня конвой і нікому дати дозвіл для вивезення Олександра Макарова за межі слідчого ізолятора.
21 травня начальник відділу з розслідування особливо важливих справ прокуратури області ТомськаАндрійГусєв повідомив, що прокуратура відмовила у задоволенні клопотання адвокатів А. Макарова про зміну запобіжного заходу їх підзахисному на домашній арешт у зв'язку з погіршенням стану здоров'я.
31 травня обласний суд залишив без зміни рішення Радянського районного суду про продовження терміну утримання під вартою Олександра Макарова.
З 27 червня 2007 виконує обов'язки мера колишній голова міської думи, призначений міськими депутатами перший заступник мера Микола Ніколайчук, в той же день він зайняв робочий кабінет Олександра Макарова; Ігор Шатурний призначений заступником губернатора Томської області з будівництва , ЖКГ, дорожньому комплексу, ГО І НС.
Згідно проведеної 14 червня 2007 судово-наркологічної експертизи в наркологічному диспансері м. Новосибірська, Олександр Макаров страждає опійної наркоманією 3-й стадії. За результатами експертизи і проведеного обшуку вдома у Макарова та його дружини Тамари Лемніцкой, йому було пред'явлено звинувачення за ст. 228 КК РФ - зберігання наркотиків (без мети збуту). СамМакаров категорично заперечує звинувачення у вживанні наркотиків, зокрема на знайдених наркотиків немає відбиток його пальців, сліди довготривалих ін'єкцій на його тілі немає.
1 серпня 2007 Макарову були пред'явлені обвинувачення ще за п'ятьма статтями, найбільше йому пред'явлено звинувачень по 13 статтям Кримінального кодексу .. У той же день слідчий прокуратури Харламов повторно виніс постанову про відвід захисника Бакуревіча. Згодом воно було визнано незаконним.
