14 серпня прокуратура Томської області завершила слідство у справі мера Томська, але про це було офіційно оголошено лише 13 травня 2008. Повний список пред'явлених звинувачень був опублікований в газеті «Томський тиждень». Макаров назвав статті, опубліковані в газетах «Томський тиждень» і «МИР» наклепницької маніпуляцією громадською думкою і подав позов про захист честі і гідності.
23 серпня слідчий обласної прокуратури МаркХарламов підписав постанову про притягнення мера як обвинуваченого .
24 вересня Європейський суд з прав людини попросив уряд РФ пояснити мотиви арешту мера Томська, скарга на його арешт розглядається в прискореному режимі.
1 Жовтень Радянський районний суд дав негативну оцінку висновку Томського міського слідчого комітету при прокуратурі, не побачивши в діях в діях адвоката Бакуревіча ознак злочину, передбаченого статтею 310 КК РФ - поширення даних попереднього слідства.
2 листопада відбулося засідання Ленінського районного суду за позовом відстороненого мера до газети «Томський тиждень».
З 3 грудня 2007 року питання про запобіжний захід для мера розглядає Томський обласний суд, незважаючи на те, що слідство було завершено мера залишили під арештом ще на 3 місяці .
5 грудня суд продовжив термін утримання під вартою родички мера Ніни Егоренковой.
2008: початок судового процесу
19 січня 2008 Європейський суд з прав людини почав розглядати справу томського мера.
21 січня Макаров направив лист директорові ФСБ Миколі Патрушеву, де йдеться про корупцію в обласній адміністрації, в обласній прокуратурі, яка порушило проти нього кримінальні справи. Прокурор Сергій Панов, який сам був звинувачений в корупції назвав цей лист «мерзенним пасквілем». Про результати звернення до Патрушеву нічого не повідомлялося. Проте, 25 березня обласного прокурора Панова повернули на колишнє місце роботи - до прокуратури Удмуртії, депутати Державної ради Удмуртії затвердили Панова на посаді прокурора республіки, до 2003 року Сергій Панов був першим заступником прокурора республіки.
3 березня суд знову залишив Макарова під вартою. Прокуратура посилалася на тяжкість пред'явленого обвинувачення; нібито наявну в Олександра Макарова можливість залишити межі Російської Федерації, безперешкодно отримавши перед цим закордонний паспорт, і ймовірність надання тиску на свідків, незважаючи на те, що вони вже дали всі свідчення. Між тим, Олександр Макаров вже прочитав 61 тому кримінальної справи і йому залишилося ознайомитися лише з відео та аудіо матеріалами, на що за підрахунками мера, йому знадобиться не більше двох тижнів.
1 квітня Олександр Макаров написав заяву до слідчого комітет, ФСБ і прокуратури. Вивчивши матеріали справи, він знайшов докази протизаконної діяльності Дунафа і Пітерського. Він просить порушити кримінальні справи щодо цих осіб, які проходять потерпілими у кримінальній справі, порушеній стосовно нього. Олександр Сергійович вважає, що в їхніх діях, виходячи з тих матеріалів кримінальної справи, з якими він знайомився, є ознаки складу злочину: шахрайство, незаконне підприємництво, помилковий донос і ще ряд складів. Але обласна прокуратура не звертає увагу на цей факт і продовжує покривати Пітерського і Дунафа.
24 квітня обласна дума затвердила на посаді прокурора Томської області заступника прокурора Іркутської області Василя Войкіна. Призначення нового прокурора ніяк не відбилося на утримання під вартою Макарова. При новому прокурорі арешт мера продовжувався тричі (3 червня, 19 листопада 2008 і 16 лютого 2009).
8 травня Олександр Макаров клопоче про проведення додаткових слідчих дій, вказуючи на абсурдність висунутих обвинувачень і нікчемність представлених доказів.
13 травня слідчий комітет оголосив про завершення слідчих дій у кримінальній справі № 2006/4500, вказавши, що - «всі клопотання, подані з боку захисту, були дозволені», а обвинувальний висновок направлено для затвердження прокурору Томської області. Захистом Олександра Макарова після закінчення ознайомлення з матеріалами справи було підготовлено 23 повноцінних клопотання, в яких містилися вимоги про проведення 105 додаткових слідчих дій, в тому числі допити свідків, проведення експертиз, витребування доказів, проведення очних ставок - у задоволенні всіх клопотань було відмовлено в протягом трьох днів (!!!) у повному обсязі. Слідчий комітет саме таким чином забезпечив право Олександра Макарова на об'єктивне розслідування.
20 травня кримінальну справу мера було передано до суду.
30 травня в обласному суді почалися слухання у справі мера Томська.
3 червня суд задовольнив клопотання захисту мера про розгляд його справи судом присяжних.
18 червня Ленінський районний суд Томська відмовив меру в задоволенні позову до газети «Томський тиждень».
7 липня суд прийняв рішення про відвід адвоката мера Віктора Бакуревіча, на думку сторони обвинувачення, існує можливість зіткнення інтересів захисника і підзахисного. Тим самим може бути порушено право підсудного на захист. СамМакаров не вважає, що його права можуть бути порушені. Звинувачення, за його словами, «дбає не про звинувачену, а про свої інтереси».
30 липня сформована колегія присяжних для участі в процесі у справі мера міста Олександра Макарова, обрано 12 основних та 6 запасних присяжних засідателів. Затвердження колегії відбулося на щойно четвертому засіданні, присвяченому цьому питанню, на 5 тижнів пізніше запланованого терміну. Попередні засідання були відзначені браком кандидатів.
