22 вересня Верховний суд залишив без задоволення касаційну скаргу відстороненого мера на постанову Томського обласного суду про продовження терміну його домашнього арешту.
1 жовтня Судові слідство було завершено. У той же день Томський обласний суд за клопотанням прокуратури ухвалив рішення про повторне взяття під варту тимчасово відстороненого від посади мера Томська на 3 місяці, нібито він перебуваючи під домашнім арештом, порушував обмеження, встановлені для нього судом в частині спілкування зі ЗМІ та впливу на думку колегії присяжних засідателів за допомогою розміщення відповідної інформації в мережі Інтернет, другим підставою для зміни запобіжного заходу стали нібито наявні спроби затягування процесу, а третьому стало звернення сина мера до президента і до Громадської палати.
4 жовтня Ілля Макаров виступив зі зверненням на адресу Томич, в якому він заявив, що має інформацію про можливість розправи над свої батьком у СІЗО. Політрада томського регіонального відділення руху «Солідарність» прийняла заяву у зв'язку взяттям під варту Олександра Макарова. У заяві говориться, що кожна людина, навіть якщо він звинувачується в скоєнні злочинів, має право на одержання кваліфікованої медичної допомоги. Політрада підкреслив, що, відмовляючи Макарову в госпіталізації, поміщаючи його замість лікарні в тюремну камеру, суд грубо порушує норми Конституції України та міжнародного права. Рух «Солідарність» ще раз підкреслило, що вважає кримінальне переслідування мера ТомськаМакарова обумовленим виключно політичними причинами і не має нічого спільного з правосуддям.
11 жовтня в суді начілісь в закритому режимі дебати сторін у справі відстороненого мера. На наступний день в ході дебатів сторона звинувачення попросила колегію присяжних засідателів визнати отстранненого від посади мера і його родичку НінуЕгоренкову винними у всіх пред'явлених їм інкримінованих їм діяння і не визнавати їх заслуговують поблажливості. 19 жовтня в ході дебатів сторін адвокати Олександра Макарова висловили свою позицію про недоведеність всіх пред'явлених йому звинувачень і попросили колегію присяжних засідателів визнати його невинним. 25 жовтня Томський обласний суд приступив до обговорення питального листа для присяжних засідателів у справі мера. Cам відсторонений від посади мер виступив перед присяжними з останнім словом. 1 листопада суддя АнатолійПавлов виступив перед присяжними з напутнім словом. У напутньому слові суддя нагадуючи присяжним, в чому конкретно звинувачується відсторонений від посади мер. У той же день колегія присяжних засідателів віддалилася в дорадчу кімнату для винесення вердикту. 3 листопада колегія присяжних визнала відстороненого мера ТомськаОлександра Макарова винним за семи епізодами звинувачення з дев'яти, за двома епізодами підсудний визнаний невинним. Присяжні не визнали Макарова винним у виділенні земельних ділянок під будівництво гаражів на вулиці Нахімова, а також у зберіганні та придбання наркотиків. По двох з семи епізодів звинувачення, за якими визнана вина Макарова, він, на думку присяжних, заслуговує поблажливості. Присяжні відмовили в поблажливості родичці мера Ніни Егоренковой, визнавши її винною за обома інкримінованих їй епізодами, пов'язаними з незаконними розподілом земельних ділянок. Держобвинувач ОленаКараваєва заявила, що поки не знає, який термін вимагати для підсудних. За словами адвоката Макарова Ігоря Трубникова, вердикт присяжних «був несподіваним». Також він висловив незадоволення формулюваннями питань, які були представлені присяжним. 10 листопада ході судового засідання сторонами захисту та звинувачення оголошені характеристики Олександра Макарова та його родички. Звинувачення подало позовну заяву в інтересах муніципалітету Томська. 12 листопада в ході дебатів сторона звинувачення за сукупністю злочинів попросила суд засудити відстороненого мера до 13 років виправної колонії суворого режиму, а також до штрафу в мільйон рублів. Звинувачення також запропонувало суду призначити покарання НініЕгоренковой у вигляді 8,5 років у виправній колонії загального режиму зі штрафом 800 тис. рублів і позбавлення спеціального звання полковника міліції. Також було поставлено питання про конфіскацію в дохід держави майна і грошових коштів, отриманих ОлександромМакаровим злочинним шляхом на загальну суму близько 60 млн рублів. Крім цього, прокуратура попросила суд задовольнити заявлений в рамках судового процесу позов прокурора області про стягнення з Макарова до бюджету міста понад 600 тис. рублів як відшкодування матеріального збитку, заподіяного муніципалітету незаконними діями мера з передачі у власність ТОВ «Київський ЦОТ» земельної ділянки. Будь-які обставини, що пом'якшують або обтяжують вину підсудних, на думку прокуратури, відсутні.
