Период после смерти шейбанида Абдулла-хана II (1557—1598) характеризуется политической дестабилизацией Бухарского ханства. Воспользовавшись этой ситуацией в страну с юга вторглись войска сефевидского Ирана во главе с шахом Аббасом. А с востока вторглись войска казахского хана Тавакула. В этой тяжелой обстановке себя проявили представители династии Аштарханидов, которые переселились в Бухару после захвата Иваном Грозным Астрахани в 1554 году.
Основателем бухарской династии Джанидов или Аштарханидов считается Джани Мухаммад-султан (Джанибек султан), который был женат на сестре Абдуллы хана 2. После гибели большинства мужских представителей Шейбанидов, знать предложила Джани Мухаммад-султану занять бухарский престол. Однако он отказался в пользу своего сына Дин Мухаммад — султана. Последний погиб в битве с сефевидами.
В 1599 году правителем Бухарского ханства стал последний шейбанид Пирмухаммад II (1599—1601). Сын Дин Мухаммад султана — Баки Мухаммад сыграл решительную роль в отражении похода казахского хана Тавакула на Бухару и Самарканд, за что был назначен губернатором Самарканда (1599—1601). В 1601 году Баки Мухаммад разгромил потерявшего авторитет Пирмухаммада 2 и взошел на бухарский престол. Он стал реальным основателем новой династии Джанидов или Аштарханидов в Бухарском ханстве (1601—1756).
В 1602 году Баки Мухаммад отстоял независимость Бухарского ханства разгромив войска сефевидского шаха Аббаса в битве при Пули Хатабе у Амударьи.
Баки Мухаммад несмотря на свое недолгое правление, провел административную, налоговую и военную реформы в стране, что способствовало её дальнейшему развитию.
Баки Мухаммад скончался в 1605 году в Бухаре. Его преемником стал брат Вали Мухаммад (1605—1611).
