Родился в Трапезунде, Каппадокия (современный Трабзон), учился в Константинополе и стал известен там как искренний проповедник Авраам. Затем удалился на Киминскую обитель в Вифинии и стал учеником преподобного Михаила Малеина, от которого позднее принял монашеский постриг с именем Афанасий. В 958 году он отправился на Афон.
Афанасий помогал отстаивать отшельников и их скиты от набегов пиратов-сарацинов, а также начал объединять скиты в то, что в конечном итоге стало известно как Великая Лавра, монастырь, который Афанасий построил на деньги императора Никифора. Монастырь был освящен в 963 году. Вскоре после этого было построено ещё три здания, причем все они стоят до настоящего времени. При строительстве монастырей на горе Афон Афанасий встретился со значительным противодействием со стороны отшельников. Они возмущались вторжению и его попыткам навести порядок и дисциплину в их жизни.
Некоторое время враги Афанасия преобладали, и он вынужден был покинуть Афон; на Кипре он жил до 971 года. После божественного видения Афанасий сразу вернулся на Афон как игумен (аббат) и создал типикон (устав) для монахов монастыря на основе документов Феодора Студита и Василия Кесарийского.
Афанасий всю свою жизнь занимался строительством и обустройством монастыря, и погиб при ремонте, под рухнувшим куполом церкви. После смерти Афанасий был прославлен как святой, память совершается 5 июля (по юлианскому календарю).
