Был францисканским монахом. В 1529 сделался сторонником реформации. В Гейдельберге преподавал еврейский язык и богословие, а затем в Базеле — математику;
Первым из немецких учёных издал еврейский текст Библии с латинским переводом и примечаниями (Базель, 1535) и руководство по грамматике халдейского языка (1527).
Славу немецкого Страбона Мюнстер приобрёл своей «Cosmographia» (Базель, 1544), основанной как на печатных источниках, так и на сообщениях различных лиц и учреждений. Это — замечательнейший для того времени свод историко-географических и биологических данных, в значительной степени способствовавшей распространению географических знаний и послуживший образцом для последующих составителей космографий. Изложенная общедоступно и занимательно, космография Мюнстера в течение столетия выдержала 24 издания в немецком подлиннике и много раз печаталась в переводах латинском, французском, итальянском, английском, чешском. Кроме карт, она заключала в себе портреты государей, с их гербами, и множество гравюр, среди которых были работы Ганса Гольбейна Младшего, Урса Графа и др.
Своё описание Московии Мюнстер заимствовал, главным образом, из сочинений Матвея из Мехова, но также и из неизвестных нам источников. Данные последнего рода, наиболее любопытные, сомнительны; некоторое значение для русской исторической науки имеют лишь сообщаемые Мюнстером сведения об Антонии Виде (авторе недавно открытого сочинения о Московии), об Иване Васильевиче Лятском и Герберштейне. Большого внимания заслуживает помещенная в космографии Мюнстера карта Московии: это — первый опыт такого изображения Восточно-Европейской равнины, основанного на современных и более или менее достоверных известиях, а не на преданиях классической древности. Ныне выяснено, что карта Мюнстера есть лишь копия карты Вида, составленной между 1537 и 1544 гг., изданной в 1555 г. и недавно лишь открытой Миховым.
Ср. Замысловский, «Описание Литвы, Самогитии, Руссии и Московии Себастиана М.» ("Ж. М. Н. Пр., 1880, № 9); H. Michow, «Die aeltesten Karten voa Russland» (Гамб., 1884).
Разное
Себастьян Мюнстер был изображён на старых немецких банкнотах номиналом 100 марок. Эти банкноты имели хождение до начала 1990-х годов.
