С 1836 г. работал в центральных библиотеках Франции — Национальной библиотеке, Библиотеке Французской академии, Библиотеке Тюильри, изучая и систематизируя преимущественно материалы по археологии, истории права и медицины, латыни и древнегреческому. В 1858—1866 гг. был непосредственным помощником Наполеона III, решившего лично написать «Историю Юлия Цезаря». С 1862 г. профессор Коллеж де Франс, с 1868 г. генеральный директор Государственных Архивов.
Издал после смерти Кларака последние выпуски его труда «Mus?e de sculpture antique et moderne» — описания наиболее важных скульптурных памятников (мраморных и бронзовых), хранящихся в главных европейских музеях.
Труды
Наследие Мори весьма разнообразно. Первые его научные труды, «Феи в Средние века» (фр. Les F?es au Moyen ?ge) и «История церковных преданий в Средние века» (фр. Histoire des l?gendes pieuses au Moyen ?ge), были опубликованы в 1843 г. и содержали ряд свежих идей; в 1896 г. они были переизданы, с различными дополнениями, под общим названием «Верования и предания Средних веков» (фр. Croyances et legendes du Moyen ?ge). Тему истории религии развивали такие книги, как «История древнегреческих верований от зарождения до их окончательного формирования» (фр. Histoire des religions de la Gr?ce antique depuis leur origine jusqu’? leur compl?te constitution; 3 тома, 1857—1859) и «Магия и астрология в древности и в Средние века» (фр. La magie et l’astrologie dans l’Antiquit? et au Moyen ?ge; 1860). Помимо этого, Мори писал по проблемам географии и геологии: в частности, его книга «Земля и человек, или Исторический очерк общей геологии, географии и этнологии» (фр. La Terre et l’Homme ou Aper?u historique de g?ologie, de g?ographie et d’ethnologie g?n?rale; 1854) была предназначена на роль вступления к «Всеобщей истории» Виктора Дюрюи. К этой же теме примыкала и книга разысканий о лесных массивах древней Галлии (фр. Recherches historiques et g?ographiques sur les grandes for?ts de la Gaule et de l’ancienne France; 1848).
