Когда Игельстром отдал приказ о роспуске войск, бывших на жаловании польской республики, Мадалинский отказался выполнить это приказание и согласно договорённости с Костюшко 13 марта выступил со своей бригадой от Пултуска к Млаве и далее, вдоль прусской границы, захватывая, где это было возможно, городские и общественные кассы. Его войска постепенно усиливались, и 30 марта ему удалось разбить на границе Краковского воеводства русский отряд Тормасова.
4 апреля Мадалинский помог Костюшко одержать победу при Рацлавицах, но после неудачных для поляков сражений при Сукочине и Дубенке (5 и 8 июня) и взятия Кракова пруссаками они оба вынуждены были отойти в укрепленный лагерь у Варшавы, обложенный затем русско-прусскими войсками.
После снятии блокады Мадалинский командовал отдельным корпусом; в соединении с генералом Домбровским ему удалось добиться небольших успехов в прусских провинциях. Скоро, однако, счастье изменило полякам; после ряда поражений Мадалинский ушёл со своим отрядом в Варшаву. При взятии Праги (пригорода Варшавы) Суворовым Мадалинский был тяжело ранен, но успел с частью войск отступить в Новое Място, где был захвачен пруссаками. Впоследствии он получил свободу и жил в своём поместье, не принимая никакого участия в политических делах.
