Родился в семье головы московских стрельцов Никиты Васильевича Лопухина. Начинал службу при государевом дворе жильцом. В 1644 году пожалован в дворяне московские; в 1645—1647 годах находился на воеводстве в Лихвине , затем до 1669 года служил в головах у московских стрельцов; помещик Мещовского и Курмышского уездов.
В 1655 году во главе своего приказа под руководством воеводы И.В. Алферьева оборонял Могилёв от войск великого гетмана литовского Януша Радзивилла. Во время одной из вылазок, 6 февраля, захватил знамя польного гетмана литовского Винцента Гонсевского. Проявив поразительную стойкость, защитники Могилёва принудили Радзивилла снять осаду с города и отступить. За проявленное мужество Лопухин был пожалован почетным чином полковника. В 1657 году возглавил посольство в Польшу. Участник Конотопской битвы 1659 года, после которой был пожалован серебряным ковшом, сороком соболей и 600 ефимками, а также придачами к поместному и денежному окладам.
В 1664 году приказ Авраама Лопухина совместно с казаками Киевского полка успешно оборонял от польских войск крепость Глухов. В 1665 году Лопухин производил досмотр и описание дворцовых угодий в Арзамаском и Алаторском уездах, рыбных ловель в Муромском уезде . Участник карательной экспедиции 1666 года в район Суздаля и Нижнего Новгорода против ракольников - поледователей "капитноновской ереси". В 1667-1668 годах со своим приказом на "понизовой службе" в Астрахани.
Отставлен из стрелецких полковников в 1669 году. В апреле 1670 года назначен главой Приказа Царицыной мастерской палаты, которым руководил до 1676 года. Во время бракосочетания царя Алексея Михайловича с Натальей Кирилловной Нарышкиной, будучи царицыным дворецким, Лопухин занимал почетное место за поставцом царицы. В 1672 году, по случаю рождения наследника, был пожалован в думные дворяне.
В 1682 году при царе Фёдоре Алексеевиче участвовал в работе Земского Собора и поставил подпись под «Соборным деянием об отставке отеческих случаев и местничества».
В Москве проживал в Белом городе у Яузских ворот в приходе церкви Живоначальной Троицы в Хохлах.
Перед смертью принял постриг и схиму под именем Александр. Погребён в Троице-Сергиевой лавре.
Дети
- Пётр Большой (1636—1701), боярин;
- Пётр Меньшой (?—1698), боярин;
- Фёдор (Илларион) (1638—1713), боярин — отец царицы Евдокии, дед генерал-аншефа Василия Лопухина;
- Кузьма, боярин.
- Василий (1646—1698), боярин — тесть Натальи Лопухиной (ур. Балк), дед генерал-поручика Авраама Лопухина;
- Сергей (?—1711), боярин.
- Евдокия, в замужестве Чирикова; муж - окольничий Чириков Илья Иванович
- Ксения,
- NN, в замужестве Есипова; муж - Иван Есипов.
