Автор трёх открытий, более чем 20 изобретений и множества работ в области изучения свёртываемости крови.
В 1940 году создал лабораторию физиологии и биохимии свёртывания крови, которая в настоящее время называется «лаборатория защитных систем крови имени профессора Б. А. Кудряшова», и всю жизнь возглавлял её.
В 1955 году подписал «Письмо трёхсот».
С 1964 по 1985 годы заведовал кафедрой физиологии Московского университета. Под его руководством был создан препарат фибринолизин, который применяется для предотвращения тромбозов при разнообразных болезнях.
В годы войны по заданию правительства он разработал технологию промышленного получения «тромбина». Этот препарат позволял прекращать кровотечения из ран и помог спасти жизни множества раненых бойцов.
Первым исследовал и описал «неферментативный фибринолиз», способ, которым организм препятствует свёртыванию крови внутри собственных сосудов.
Награждён орденами Красной Звезды (1944) и Трудового Красного Знамени (неоднократно).
