Инок
С 1892 или 1893 жил в старообрядческом Михаило-Архангельском монастыре в Александровской волости Томской губернии. В 1903 в сане иеродиакона представлял Пермского епископа Антония на Освященном соборе. Затем был иноком шамарского Воскресенского монастыря, а в 1910 перешёл в Ново-Архангельский скит, стал его игуменом. К 1914 в скиту проживали десять насельников.
Епископ
В сентябре 1916 был рукоположён в Томске во епископа Уральско-Оренбургской епархии. Принял сан после долгих уговоров с условием, что ему разрешат привести в порядок дела в своём скиту, передав затем управление им другому иноку. В начале 1917 уехал в Уральск на свою кафедру, но продолжал посещать скит. В 1918 он участвовал в Освященном соборе на Рогожском кладбище в Москве. В 1918—1920 также временно управлял Пермско-Тобольской епархией, а в 1919—1920 — и Томской епархией (после кончины своего брата, томского епископа Иоасафа). В 1920 рукоположил для этих двух епархий новых епископов.
В 1921 скрывался от большевистских властей в Ново-Архангельском скиту, где в это время под руководством известного старообрядческого писателя Фёдора Мельникова на вывезенном из города типографском оборудовании журнала «Сибирский старообрядец» печатались антисоветские листовки. В 1922 был арестован по обвинению в контрреволюционной деятельности (за печатание листовок), в 1922—1923 находился в тюрьмах Уральска, Новониколаевска, Томска и Москвы. В июне 1923 на судебном процессе в Томске был приговорён к расстрелу; позднее этот приговор ВЦИК заменил пятью годами заключения, которое он отбывал в Томском доме принудительных работ.
В 1926 был освобождён, и осенью того же года вернулся в Ново-Архангельский скит, где жил в уединении. В 1927—1929 временно управлял Иркутско-Амурской епархией до хиротонии епископа Афанасия (Федотова). В 1930 временно управлял Пермско-Тобольской епархией. В 1933 был арестован в деревне Филаевка Верещагинского района Пермской области, приговорён к 10 годам лишения свободы с заменой срока заключения на ссылку на тот же срок в Нарымский край. В 1937 был казнён.
Канонизация
В 2003 епископ Амфилохий был причислен к лику святых. 30 августа 2004 предстоятель Русской православной старообрядческой церкви митрополит Андриан возглавил крестный ход к месту, где располагался Ново-Архангельский скит. На предполагаемом месте расположения алтаря скитской церкви во имя иконы Казанской Божией матери был установлен поклонный крест.
