В 1574—1578 прошёл курс наук в Падуанском университете, где получил степень доктора медицины. Практиковал в Кампосампьетро близ Падуи.
В качестве личного врача венецианского консула в Каире Джорджо Эмо отправился в 1580 в Египет. Трёхлетнее своё пребывание там Альпини посвятил изучению природы и состоянию врачебного дела в Египте. Некоторые мысли Альпини о размножении растений нашли своё место в ботанической системе Линнея.
По возвращении был сперва врачом на генуэзском флоте Андреа Дориа, потом профессором ботаники в Падуе (1593). Книга Альпини De Plantis Aegypti liber in quo pauci, qui circa herbarum materiam irrepserunt, errores deprehenduntur… (Венеция, 1592, in 4°) была особенно в почёте, вследствие обилия фактов, точного описания и хороших гравюр.
По его смерти его профессорская кафедра была замещена его сыном — Альпино Альпини (умер в 1637).
В 1603 был назначен руководить ботаническим садом в Падуе и одновременно — кафедрой фармакологии Университета.
Род Alpinia, принадлежащий порядку Zingiberaceae, назван в честь Альпини Карлом Линнеем.
Печатные труды
- De medicina Aegyptiorum (Venezia, 1591; Parma, 1645) (лат.)
- De Plantis Aegypti liber (Venezia, F. de Franceschi di Siena, 1592; Padova, 1640) — первая книга о растениях Египта; описаны 57 растений (49 из них проиллюстрировано); содержит, видимо, первое упоминание о Кофе (Coffea arabica L.) в Европе; эта же книга представила европейцам Банан (Musa sp.) и Баобаб (Adansonia digitata L.) (лат.)
- De praesagienda via et morte aegrotantium (1601) (лат.)
- De medicina methodica (1611) (лат.)
- De plantis exoticis (Venezia, 1627, издано его сыном) (лат.)
- Historia naturalis Aegypti (2 тома, Leiden, 1735) (лат.)
О нём
- Stannard, Jerry. Alpini, Prospero. // Dictionary of Scientific Biography 1. New York: Charles Scribner’s Sons. 1970, 124—125. ISBN 0-684-10114-9. (англ.)
