«Родился 5 ноября 1899 года в селе Медведово Нижневской волости Клинского уезда Черниговской губернии в семье крестьянина. Отец мой лошади не имел и кроме хлебопашества занимался садоводством, а зимой уходил в город, где работал плотником и занимался резьбой по дереву. В 1906 году отец бросил сельское хозяйство и переехал в город Клинцы, где продолжал заниматься плотничеством и резьбой по дереву у подрядчиков или на дому. Мать — дочь машиниста лесопильного завода. Всего детей у моих родителей было 13 из них в настоящее время живы 4, остальные умерли в детстве. После смерти родителей, когда мне было 11 лет, меня, старшего брата и младшую сестру взял к себе на воспитание брат нашей матери Никифор Николаевич Ляхов — рабочий Ижорского завода в Колпино. Старший брат поступил учеником на завод, а я и сестра продолжали учиться. После окончания заводского Высшего начального училища в 1915 году я поступил в Военно-морскую фельдшерскую школу в Кронштадте, каковую окончил в 1918 году...», — писал в автобиографии военврач 2-го ранга Павел Иванович Малиновский.
В октябре 1917 года П.И. Малиновский в составе отряда матросов с эсминцев Балтийского флота принимал участие в штурме Зимнего дворца. После завершения медицинского образования его назначили лекарским помощником на линкор «Полтава».
В годы Гражданской войны П.И. Малиновский проходил службу в должности военного фельдшера 4-го экспедиционного отряда моряков на Северо-Двинском фронте (1918 год), 1-го экспедиционного отряда моряков на Лужском фронте (1919 год) и отряда моряков Петроморбазы на Южном фронте (1919-1920 годы).
В послевоенные годы он продолжал службу в качестве лекарского помощника на линкоре «Полтава», посыльном судне «Крест», эскадренном миноносце «Сладков» и учебном судне «Комсомолец». С 1925 по 1930 год Павел Иванович — слушатель Военно-медицинской академии Рабоче-крестьянской Красной Армии имени Сергея Мироновича Кирова.
После окончания академии П.И. Малиновский с 1930 по 1938 год служил в Средней Азии:
- младшим врачом 11-го Туркестанского полка 3-й Туркестанской горно-стрелковой дивизии РККА (Термез);
- старшим медицинским врачом пограничного отряда войск НКВД Среднеазиатского округа (пос. Серахс);
- старшим санитарным инспектором Управления пограничной и внутренней охраны войск НКВД Среднеазиатского округа (Ташкент);
- старшим санитарным инспектором Управления пограничной и внутренней охраны войск НКВД Туркменской ССР (Ашхабад);
- начальником санитарной службы Управления пограничной и внутренней охраны войск НКВД Туркменской ССР (Ашхабад).
«Изнуряющий зной, противный ветер-афганец, тучи комаров и каждодневный дождь из мельчайшего песка сыплет и сыплет, а в лазарет идут и идут больные малярией, лейшманиозом, инфекционным гепатитом, бойцы с потёртостями и фурункулами. Всех нужно осмотреть, назначить лечение и вылечить. И он лечил и вылечивал. Знаний и умения Павлу Ивановичу хватало на многое, ведь за плечами была не только Военно-медицинская академия, но и солидный опыт службы лекпомом на линкоре «Полтава», а позже на эскадренном миноносце «Сладков». В составе флотских экипажей кораблей Балтийского флота он участвовал в штурме Зимнего дворца и перевязывал раненых матросов на Дворцовой площади. Затем, на Северном и Южном фронтах, он пользовал краснофлотцев, защищавших революционную Россию от нашествия интервентов», — писал автор этих строк на страницах очерка «Бригврач Павел Малиновский».
В 1938 году П.И. Малиновского направили на курсы усовершенствования медицинского состава при Военно-медицинской академии, по окончании которых ему присвоили воинское звание бригврач и назначили начальником войскового лазарета отдельной мотострелковой дивизии имени Феликса Эдмундовича Дзержинского.
В 2 февраля 1939 года было образовано Главное управление Пограничных войск (ГУПВ) НКВД СССР, а в его составе — санитарный отдел. На должность начальника этого отдела руководство ГУПВ выдвигает кандидатуру П.И. Малиновского, но окончательное решение принимается на самом высоком уровне: