Харун ар-Рашид назначил его своим наследником под именем аль-Амин (араб. верный, честный). В 799 г. следующим после аль-Амина наследником был назначен его старший брат (сын иранской наложницы) аль-Мамун. В управление аль-Мамуна передавались восточные области Халифата, где преобладало иранское население. В 802 г. во время хаджжа в Мекку, у Каабы, Харун ар-Рашид взял с братьев клятву соблюдать его решение о наследовании престола.
После смерти отца 24 марта 809 году аль-Амин вступил на престол в Багдаде. Наибольшее влияние на политику молодого халифа оказывал визирь аль-Фадл ибн ар-Раби. Аль-Амин пренебрегал государственными делами, предавался развлечениям, за что не пользовался популярностью в народе; подозревался в гомосексуальных наклонностях. Халиф покровительствовал знаменитому поэту Абу Нувасу, но за нарушение мусульманских норм поведения аль-Амин всё же посадил поэта в тюрьму.
Аль-Фадл ибн ар-Раби убедил аль-Амина провозгласить наследником трона малолетнего сына Мусу, что привело к конфликту с братом аль-Мамуном. Противоречия между братьями усилились в связи с отказом аль-Мамуна вернуть в Багдад, под контроль аль-Амина войско эмира Харсамы, которое перед этим подавляло восстание Рафи ибн Лайса в Самарканде (809—811 гг.). Между братьями началась гражданская война. Аль-Амин направил против аль-Мамуна большое войско (ок. 50 тыс.) под командованием Али ибн Исы ибн Махана. Аль-Мамун не успел собрать большой армии и выставил против войска брата немногочисленные полки (до 10 тыс.) под руководством Тахира ибн Хусейна и Харсамы, чтобы задержать армию халифа. В состоявшемся 1 мая 811 г. сражении Тахир разгромил превосходящую армию аль-Амина и двинулся на Ирак. В 811—813 гг. полководцы аль-Мамуна захватили большую часть Ирака и в 812 г. осадили Багдад. Осада длилась около года. Сторонники аль-Амина упорно сопротивлялись, защищая каждую пядь земли в городе. Для населения Багдада армия аль-Мамуна представлялась иноплеменной, так как состояла главным образом из иранцев и тюрков, поэтому война носила межнациональный характер. В условиях блокады в городе начался голод; солдаты аль-Мамуна к осени 813 г. постепенно захватили ряд важных центров обороны. В этих условиях аль-Амин бежал, попытавшись уплыть на лодке, но был схвачен офицерами Тахира и казнён.
