Принял сербский престол в 1493 году после старшего брата своего Георгия, который оставил мир и принял иночество. После смерти Вука в 1496 стал сербским деспотом из династии Бранковичей, сначала вместе с братом, а когда тот удалился в монастырь, то и один.
От брака с Еленой Якшич (сестрой либо тёткой Анны Глинской) у Йована Бранковича сыновей не было, а было несколько дочерей, которые были замужем за молдавским господарем Петром Рарешем, а также за литовскими князьями Вишневецким, Чарторыйским, Сангушкой и Збаражским.
