Пользовался поддержкой российского правительства и большим уважением в среде российской иерархии; греками именовался «корифеем патриархов». Стремился к наднациональному статусу Вселенского патриархата, усилению клерикального начала в управлении Константинопольской церковью.
Почётный член Санкт-Петербургской духовной академии (1905).
Биография
Учился в школе своего родного села Вафеохория близ Константинополя. В юности поступил в монастырь Пантократор на Афоне, где продолжил обучение в монастырской школе, а позднее на о. Самосе. В 1851 году, 17-и лет, принял постриг. Состоял диаконом при епископе Погонианском Агапии в Валахии, где изучил румынский язык.
В 1854—1860 годах в сане иеродиакона служил при греческой церкви вмч. Георгия в Вене, где одновременно посещал лекции в Венском университете и овладел немецким языком. В конце 1860 года Патриархом Иоакимом II (1860—1863, 1873—1878) был переведён на должность второго диакона церкви вмч. Георгия в Константинополе, при Патриархии. 3 марта 1863 года был возведён в сан архимандрита и назначен протосинкеллом Патриархии.
10 декабря 1864 года, при Патриархе Софронии III, был хиротонисан во епископа и назначен на митрополичью кафедру в Варну. 9 января 1874 года, во второе патриаршество Иоакима II был переведён в Фессалоники.
После кончины патриарха Иоакима II, 4 октября 1878 года, 44-х лет, был избран Патриархом Константинопольским. На аудиенции у султана Абдул-Гамида II произнёс речь, которая была воспринята как весьма смелая. Делал представления русскому послу в Константинополе князю Лобанову и главнокомандующему действующей армией Тотлебену, жалуясь на русских полковых священников, вступивших в общение с болгарским духовенством, бывшем под схизмой.
В начале 1880 года к нему обратились Майносские некрасовцы (старообрядцы) с просьбой поставить им священника из русских насельников Афона, в связи с чем была учреждена особая комиссия. По итогам её работы, Патриарх Иоаким III направил дело некрасовцев Петербургскому митрополиту Исидору (Никольскому), сопроводив его письмом, в котором указывал, что русский раскол составляет предмет пастырской заботы Православной Российской церкви.
1 октября 1880 года основал официальный печатный орган Константинопольской Патриархии — журнал «????????????? ???????» (издавался в Константинополе до 1923 года). Поручил греческому исследователю Мануилу Гедеону (??????? ??????; 1851—1943) составить каталог всех константинопольских патриархов, который остаётся наиболее полным биографическим справочником константинопольских патриархов того периода.
В 1879 году созвал народно-церковное собрание для выработки мер по улучшению быта духовенства и народа и пользуясь необычайным авторитетом у состоятельных греков-фанариотов, значительно улучшил материальное положение Константинопольской патриархии, упорядочил приходскую жизнь, подчинив эпитропов контролю церковной власти. В 1881 г. введя «Устав приходского клира» реформировал народно-школьное дело.
С 1881 года Порта, используя ряд частных вопросов (о тексте учебников для греческих школ, просьбу Патриарха о берате на Восточную Румелию, Болгарию, Боснию и Герцеговину и другие), начала компанию по ограничению привилегий (прономий) Константинопольского Патриарха и митрополитов трона, что вызвало решительный протест патриарха Иоакима III. В результате длительной переписки, в начале 1884 года, Патриарху был выдан берат (признание полномочий от Порты), тождественный бератам, выдававшимся прежде (как и требовала Патриархия); однако Патриарх возобновил свою просьбу об отставке — на сей раз ввиду разногласий между Патриархом, с одной стороны, Синодом и Смешанным советом, с другой, — формально по причине 2-х пунктов министерского тескере, при котором был препровождён Патриарху берат. Пререкаемые пункты тескере изменяли прежний порядок ареста рядовых клириков при совершении ими правонарушений: теперь арест (задержание) мог производиться представителями правительства, а не Патриарха. Афинская пресса подвергла Патриарха Иоакима III жестокой критике за уступчивость; официальный орган российского Святейшего Синода полагал, что подлинная причина недоверия греков Патриарху состояла в предполагаемом влиянии на него России.
