Биография
Из мещанской семьи. В 1916 году окончил общеобразовательное отделение Школы живописи, ваяния и зодчества, а в 1919 году — архитектурное отделение Школы зодчества.
В 1923 году поступил послушником в Смоленско-Зосимову пустынь Владимирской епархии.
22 марта 1923 года возведён в сан диакона.
В 1925 году пострижен в монашество в Высокопетровском монастыре Москвы архиепископом Варфоломеем (Ремовым). 16 января 1927 года возведён в сан иеромонаха.
Летом 1929 года храм в Петровском монастыре был закрыт, и монахи перешли в храм преподобного Сергия на Большой Дмитровке.
В 1932 году возведён в сан архимандрита.
16 апреля 1932 года арестован за «проведение систематической антисоветской агитации». Был освобожден одним из первых из арестованных.
В начале 1933 года подал в правоохранительные органы сведения о том, что при храме преподобного Сергия созданы нелегальный монастырь и Духовная академия, и во время следствия выступил свидетелем обвинения против братии и прихожан Сергиевского храма. Всего по этому делу было арестовано двадцать четыре человека — священнослужители и миряне, в том числе и преподобномученик Феодор (Богоявленский).
18 мая 1935 года указом Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия архимандриту Алексию повелено быть епископом Каширским, викарием Московской епархии.
20 мая 1935 года в Московском храме Рождества Пресвятой Богородицы, находящемся в Путинках, состоялась хиротония архимандрита Алексия во епископа Каширского. Хиротонию совершали Блаженнейший Сергий (Страгородский), митрополит Московский и Коломенский и викарии Московской епархии — архиепископ Дмитровский Питирим (Крылов) и епископ Бронницкий Сергий (Воскресенский).
С 1936 года — епископ Серпуховский.
5 августа 1937 года назначен епископом Вологодским, но в епархию не поехал.
С 29 августа 1937 года — епископ Егорьевский, викарий Московской епархии.
С 14 сентября 1937 года — епископ Ивановский.
В 1938 году после того как он увидел в советских газетах имя патриаршего местоблюстителя среди «шпионов и диверсантов», поспешил объявить о разрыве с ним и провозгласил «автокефалию» в Иванове. В 1939 году запрещён в священнослужении и предан суду архиереев. Акт запрещения подписали: митрополит Сергий (Страгородский), митрополит Алексий (Симанский), архиепископ Палладий (Шерстенников).
После присоединения к СССР Бессарабии и Северной Буковины встал вопрос об устроении церковной жизни в этих землях и поиски кандидата привели к бывшему епископу Алексию. Принятый в общение с Церковью, он был назначен епископом Тульским, после чего в декабре 1940 года ему было поручено временное управление Кишинёвской епархией. 12 мая 1941 года стал архиепископом Кишинёвским и Бессарабским, с управлением епархий Измаильской и Бельцкой, а также общим попечением о самостоятельной Черновицкой епархии.
После вторжения немецких войск, в связи с оставлением Красной армией Молдавии, архиепископ спешно покинул свою епархию и был назначен на Орловскую и Курскую кафедру. Известно, что под Воздвижение он служил в «кладбищенской церкви» Орла. Когда же неприятель занял и Орёл 3 октября 1941 году, ему 14 октября того же года был усвоен титул архиепископа Тамбовского.
На февраль 1942 года — архиепископ Уфимский, но в Уфу прибыть не смог, живя в Москве.
С 13 июля 1942 года — архиепископ Рязанский, с позволением выехать в свою епархию.
С 14 июля 1943 года — управляющий Калужской и Тульской епархиями.
8 сентября 1943 года он был участником Архиерейского Собора Русской Православной Церкви.
С мая 1944 года — архиепископ Ярославский и Ростовский.
Награждён медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг.».
В этом же году (во второй половине 1945 года и начале 1946) он был послан патриархом Алексием в Америку для переговоров с митрополитом Феофилом (Пашковским) о возобновлении канонической связи с Московской Патриархией.