Первое упоминание о Якобе Зайзенеггере относится к 1530 году, когда он во время Рейхстага в Аугсбурге помимо других полотен создал по заказу эрцгерцога Фердинанда I портрет его старшего брата Карла V — картина, считающаяся сегодня утерянной.
В 1531 году он был назначен Фердинандом I придворным живописцем, а после того, как в 1558 году Фердинанд был коронован императором Священной Римской империи он был возведен в дворянский сан.
После того как он поработал в различных местах Европы, художник вернулся в 1549 году в Вену. С 1561 года Зайзенеггер жил в Линце, где он и умер в конце 1567 года.
